| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,710,508 | C→T | 5.1% | P222P (CCG→CCA) | cysI ← | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,710,508 | 0 | C | T | 5.1% | 557.0 / 12.0 | 175 | P222P (CCG→CCA) | cysI | sulfite reductase hemoprotein subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/77); new base T (3/6); total (92/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
ACCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGCG > NC_002947/2710359‑2710656 | aCCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCAc < 2:4360490/150‑1 (MQ=255) ccATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACg > 1:5422987/1‑150 (MQ=255) aTTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGc < 2:2949476/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCa > 1:3902901/1‑150 (MQ=255) tttCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCa < 1:1881644/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCa < 1:1902475/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCa < 1:3369390/150‑1 (MQ=255) gCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGacc < 1:3330231/150‑3 (MQ=255) tCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCg > 1:3420663/1‑150 (MQ=255) tCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCg > 2:4027414/1‑150 (MQ=255) cGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGTTCCTGCCGTGGCAGGACCtgat < 1:2696894/150‑4 (MQ=255) aCCTTTTCGGCGAACACTTTCGGGGTAAGGGCATTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCGTGGCAGGACCtgatca < 2:242584/150‑6 (MQ=255) aCCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtg > 2:1403880/1‑150 (MQ=255) aCCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtg > 2:2122010/1‑150 (MQ=255) cTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgat < 2:3061327/150‑1 (MQ=255) cTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgat < 1:1313799/150‑1 (MQ=255) ttttCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgatg > 1:2320672/1‑150 (MQ=255) ttttCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTtgatg > 2:5286601/1‑150 (MQ=255) 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ggCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGcc > 2:4945047/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGcc < 2:3364489/150‑1 (MQ=255) gCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGccc > 1:3742199/1‑150 (MQ=255) ccTTGACCAGGATCTAGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGAACACGCGCAGGATCGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACCGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCa > 2:1144608/1‑150 (MQ=255) cTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAg > 1:1265915/1‑150 (MQ=255) 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cAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGccacc > 2:5185711/1‑150 (MQ=255) aGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCCCCACCGGGGTACGGCCCAGGccaccc < 1:1724045/150‑2 (MQ=255) ggATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCcaccac > 2:481429/1‑150 (MQ=255) gATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCaccacc > 2:4818369/1‑150 (MQ=255) ttGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTAcc > 1:5132221/1‑150 (MQ=255) 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acGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAgg > 1:228006/1‑150 (MQ=255) cgcAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCa > 2:4928187/1‑150 (MQ=255) cAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGGGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAAt > 2:3036677/1‑150 (MQ=255) cAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAAt < 2:5433810/150‑1 (MQ=255) ggATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGt > 1:4420097/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTc < 2:349215/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCg < 1:3439863/150‑1 (MQ=255) tGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGt > 1:2743625/1‑150 (MQ=255) cGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCATGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCATGCACtt < 1:1257133/150‑1 (MQ=255) cGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCacac < 2:515045/93‑1 (MQ=255) aGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATgg < 2:1672937/150‑1 (MQ=255) cTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATggcg < 1:2640391/150‑1 (MQ=255) tGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCa < 2:2027869/93‑1 (MQ=255) gATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATggcggc > 1:4309851/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGgcgc > 2:3159608/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGgcgc > 2:2444002/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGgcgc > 1:165921/1‑150 (MQ=255) cAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCGGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGcgcg < 1:4194561/150‑1 (MQ=255) cAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGcgcg < 2:1555955/150‑1 (MQ=255) gttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCAGCGGCTCTAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGt > 2:5318715/3‑150 (MQ=255) gttCCTGCCGTGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGt > 1:3059269/3‑150 (MQ=255) ggTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGt < 2:2698825/150‑1 (MQ=255) ggTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGt < 2:5422987/150‑1 (MQ=255) tGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAgg < 1:4926242/114‑1 (MQ=255) cACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACGTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGc > 2:1998739/1‑150 (MQ=255) | ACCATTTCGGCCTCGACCTTTTCGGCGAACACTTCCGGGGTAAGGGCCTTGACCAGGATCTTGATCCGCGCCTTGTACTTGTTGTCACGGCGACCGTAACGGTTGTACACGCGCAGGATGGCGTCGAGGTAGCTGATCAGGTCCTGCCACGGCAGGAACTCGTTGATGAACGAGCCCACCACCGGGGTACGGCCCAGGCCACCACCTACCAGCACACGGAAGCCCAGTTCGCCGGCAGCGTTGCGCACCGGCTCAAGGCCAATGTCGTGCACTTCGATGGCGGCGCGGTCTTCCTGCG > NC_002947/2710359‑2710656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |