| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,766,337 | T→G | 5.7% | A210A (GCA→GCC) ‡ | PP_2418 ← | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,766,337 | 0 | T | G | 5.7% | 534.2 / 15.9 | 159 | A210A (GCA→GCC) ‡ | PP_2418 | cobalamin ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/82); new base G (5/4); total (73/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
AAGTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGG > NC_002947/2766188‑2766485 | aaGTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGt < 2:2979624/150‑1 (MQ=255) cGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccgcgc > 1:2724636/1‑150 (MQ=255) cacCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTgccgcgccgc < 1:2410725/150‑1 (MQ=255) acCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGccgcgccgcg > 1:2548493/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGt > 1:2155075/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTc < 1:482042/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGGACcgcggcgcggca < 2:151695/150‑3 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc < 1:1181336/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc > 2:1727683/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTcc < 2:4931638/150‑1 (MQ=255) gcggcCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTg < 2:4193424/150‑1 (MQ=255) ggccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa > 2:3418505/1‑150 (MQ=255) ggccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa > 1:2434958/1‑150 (MQ=255) ggccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGaa > 1:1321949/1‑150 (MQ=255) gccggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAAc < 2:293997/150‑1 (MQ=255) cggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACgc < 2:3464321/150‑2 (MQ=255) ggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGACCGTc > 1:1689896/1‑150 (MQ=255) ggccACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTc > 2:1840680/1‑150 (MQ=255) 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cgagatcttCGACGTTCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCg > 1:489208/8‑150 (MQ=37) gCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATg < 1:3526684/150‑1 (MQ=255) aaTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCa < 1:3071304/121‑1 (MQ=255) aaTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCa > 2:3071304/1‑121 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 1:2125205/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgca < 2:910297/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGgcag > 1:3123779/1‑150 (MQ=255) gTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTa < 1:2872121/150‑1 (MQ=255) gTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTa < 2:3261470/150‑1 (MQ=255) ttCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAg < 1:2461163/150‑1 (MQ=255) ttCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCtt < 1:887254/122‑1 (MQ=255) ttCAGGACCGCGGCGCGGCACTGAACGCCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAg > 1:2149800/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTg > 1:804971/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGtt < 2:4475550/111‑1 (MQ=255) tGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGtt > 1:4475550/1‑111 (MQ=255) | AAGTCGGCGACACCCTGGCGGCCGGCCACATAGGGGTCGATGTCCAGGTCGGCGCTGGAGAACCAGAACAGCGCCGAAGTTGCCGACAGGTCCTTGCCGGCCAGCTGTGCCCTGGCGCTGTCGAGGCGCCCTTGCAATTCGGCGTTCAGTGCCGCGCCGCGGTCCTGAACGTCGAAGATCTCGGCCAGTTCGCTGACGCTCTTGTAGATGCTGTCTACCTGGAACGCTTGCAGGCGGGTGCCGTCTGCACCGACCAGGTTGTCCTTGCCCTCGCAGTCCGATGGCAGCACGTAGGTGG > NC_002947/2766188‑2766485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |