Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,772,179 | 0 | T | C | 6.9% | 492.2 / 16.7 | 158 | intergenic (‑80/+29) | PP_2422/lpxOA | hypothetical protein/Fe(2+)/alpha‑ketoglutarate‑dependent dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/62); new base C (7/4); total (92/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCGGGT > NC_002947/2772035‑2772327 | tCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTc < 2:1274677/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTc < 2:2853396/150‑1 (MQ=255) cGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTAc > 1:5162370/1‑150 (MQ=255) 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ttAACTGCTTACGGTAGGCTTCCCAGTCCATCATGCTCTTCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGTCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCTCTCGTAAG‑GTTGCCTGCGt < 2:497536/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑Gt < 1:1680079/139‑1 (MQ=255) aCTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGa > 2:1264185/1‑150 (MQ=255) aCTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGa < 2:4400471/150‑1 (MQ=255) aCTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGa < 1:2800001/150‑1 (MQ=255) 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ccAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGaa > 2:483918/1‑150 (MQ=255) catcatGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAg > 2:3297653/1‑150 (MQ=255) atcatGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGc > 1:1149922/1‑150 (MQ=255) atcatGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGGTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGtt < 2:1558258/122‑1 (MQ=255) catGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCAc > 1:203585/1‑150 (MQ=255) 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tAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTa < 2:2434530/150‑1 (MQ=255) tAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTa < 2:4719700/150‑1 (MQ=255) tAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTa > 1:3375471/1‑150 (MQ=255) aaCGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGa > 2:1113842/1‑150 (MQ=255) aCGCAGGCCAC‑CGTACGAGTGACCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGAt > 2:1976853/1‑150 (MQ=255) 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aGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCgg < 2:3833399/150‑1 (MQ=255) aGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCgg < 1:2431136/150‑1 (MQ=255) gTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCGGGt < 1:900910/150‑1 (MQ=255) | TCGCCGATGCCGGCCATTAACTGCTTACGGTAGGCGTCCCAGTCCATCATGCTCATCGTCTTCACCTTGGGGGTTGCGAGTGGAGCTTTCAGGCTAGTCGAAGCGTGGCACGTGCGAGGCGGTACTTTGGTGGGTAAACGCAGGTCACTCGTACG‑GTGGCCTGCGTTGAGCCTTCAGATGTAGATGAACACCAGCACCAACGCCGCGACCACTGCCCATTTTTCCAGGTAGTAGCGCATGCGGTTGCGCTTCTTCAGCGCCTTGCCACGCTCGCGGATCTTGTAGATGCGGGT > NC_002947/2772035‑2772327 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |