Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,798,801 | G→T | 6.2% | intergenic (+20/‑112) | PP_t43 → / → PP_2449 | tRNA‑Val/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,798,801 | 0 | G | T | 6.2% | 531.9 / 17.9 | 162 | intergenic (+20/‑112) | PP_t43/PP_2449 | tRNA‑Val/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/70); new base T (7/3); total (89/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AAAAGAGCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTCGCCC > NC_002947/2798654‑2798949 | aaaaGAGCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGaa > 1:1330821/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGaaa < 2:533188/150‑1 (MQ=255) gagCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACGACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCATTTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGAAATGa < 2:3061583/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |