Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,798,802 | A→T | 6.3% | intergenic (+21/‑111) | PP_t43 → / → PP_2449 | tRNA‑Val/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,798,802 | 0 | A | T | 6.3% | 530.9 / 17.6 | 159 | intergenic (+21/‑111) | PP_t43/PP_2449 | tRNA‑Val/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/68); new base T (7/3); total (88/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AAAAGAGCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTCGCCC > NC_002947/2798654‑2798949 | aaaGAGCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGaaa < 2:533188/150‑1 (MQ=255) gCTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGAAATGATc < 2:3673833/150‑1 (MQ=255) cTTTACAGGTACGCATCGGGCCACTAATATGCGCACCACACGACAGGCACATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGTGCCTACCAAATCGAAAAAGGGCGATCAGAAATGATc < 1:4680694/149‑1 (MQ=255) 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2:2493477/111‑1 (MQ=255) ggCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGa > 1:2493436/1‑111 (MQ=255) ggCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGa > 1:2493477/1‑111 (MQ=255) ggCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTg > 1:3531892/1‑150 (MQ=255) ggCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTg > 2:3425091/1‑150 (MQ=255) gCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGc > 1:3608232/1‑150 (MQ=255) gCGATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGc > 1:512143/1‑150 (MQ=255) gATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTCCACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTc > 1:778528/1‑150 (MQ=255) gATCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTc > 1:937046/1‑150 (MQ=255) aTCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTCg < 1:3907058/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTCGc > 2:4987574/1‑150 (MQ=255) tCAGAAATGATCGCCCTTTTTGCATTTGCGCCCGAAGCAGCGTGTAACGTTTGGTCGCGGTCCGGGCATACCCCGGCGTGCTAGAATCCGCCCCTTCGAATCTGGAGGTACACGCGTGCGCAAACTGGCTGTGGTAATGGCAGTGCTCGc > 2:1626097/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |