| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,943,285 | C→A | 5.7% | A184A (GCC→GCA) | PP_2574 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,943,285 | 0 | C | A | 5.7% | 463.4 / 13.1 | 139 | A184A (GCC→GCA) | PP_2574 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/62); new base A (6/2); total (75/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GACCTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCAT > NC_002947/2943136‑2943434 | gACCTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGcc < 2:2886132/150‑1 (MQ=255)gACCTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGcc > 2:4702621/1‑150 (MQ=255) ccTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAACCAGGCCCa > 1:4651999/1‑150 (MQ=255) ccTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAACCAGGCCCa > 1:1912729/1‑150 (MQ=255) cTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAg < 1:898091/150‑1 (MQ=255) gATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGt < 1:4974991/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCg > 1:1052966/1‑149 (MQ=255) aGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCg > 1:1053082/1‑149 (MQ=255) aGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCg < 2:1052966/149‑1 (MQ=255) aGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGc > 2:4733377/1‑150 (MQ=255) gggCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCt < 1:4580744/150‑1 (MQ=255) ggCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTg > 1:2531693/1‑150 (MQ=255) gCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTgc > 1:2124568/1‑150 (MQ=255) gCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTgc < 1:418085/150‑1 (MQ=255) cTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTgcgc < 1:3239751/150‑1 (MQ=255) gACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGa > 1:141759/1‑150 (MQ=255) aCCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGAc > 1:4978546/1‑150 (MQ=255) cTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCGCGCAGCGAGACCtgg < 1:967059/150‑2 (MQ=255) 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gCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATc < 1:3267609/150‑1 (MQ=255) tttCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctg > 1:1041534/1‑150 (MQ=255) ttCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgc > 1:320747/1‑150 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGCGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCGACCCGAGAACCACCGCTGTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct < 2:3190349/150‑1 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct < 1:4495930/150‑1 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct > 1:2139805/1‑150 (MQ=255) ctctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgctg < 1:954056/150‑1 (MQ=255) ctctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgctg < 1:4214496/150‑1 (MQ=255) ctctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgctg < 1:3696519/150‑1 (MQ=255) tATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGAc > 1:581513/1‑150 (MQ=255) 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accaccGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGt < 2:3597498/150‑1 (MQ=255) caccGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGtcg > 2:1199441/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGAt < 2:141693/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGAt < 2:141759/150‑1 (MQ=255) gccagccaGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATg > 2:3063527/1‑150 (MQ=255) 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ggCACAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCTGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCgg > 1:3831677/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCAt > 2:61301/1‑150 (MQ=255) | GACCTGATCCAGGGCCTGACCGCTGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCAT > NC_002947/2943136‑2943434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |