Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,943,307 | T→G | 7.9% | C192G (TGC→GGC) | PP_2574 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,943,307 | 0 | T | G | 7.9% | 438.8 / 22.2 | 140 | C192G (TGC→GGC) | PP_2574 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/66); new base G (9/2); total (72/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTT > NC_002947/2943159‑2943456 | gAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCGGGCACAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGcc > 1:4412985/1‑150 (MQ=255) aaCATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGccc < 1:270737/150‑1 (MQ=255) ttCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAg > 1:4395672/1‑150 (MQ=255) tCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGc < 2:2124568/150‑1 (MQ=255) gACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCg > 2:599242/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCAGTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCga < 2:1399643/150‑1 (MQ=255) ggCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCgatgat > 1:1467912/1‑150 (MQ=255) gCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATc < 1:3267609/150‑1 (MQ=255) tttCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctg > 1:1041534/1‑150 (MQ=255) ttCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgc > 1:320747/1‑150 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGCGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCGACCCGAGAACCACCGCTGTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct < 2:3190349/150‑1 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct < 1:4495930/150‑1 (MQ=255) tctcTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgct > 1:2139805/1‑150 (MQ=255) ctctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgctg < 1:3696519/150‑1 (MQ=255) ctctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCctgctg < 1:954056/150‑1 (MQ=255) tctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTgg > 1:4598093/1‑150 (MQ=255) tctATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTgg > 2:1806090/1‑150 (MQ=255) tATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGAc > 1:581513/1‑150 (MQ=255) aTGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACg < 2:3044344/150‑1 (MQ=255) tGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGt > 2:1894252/1‑150 (MQ=255) aCCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTgg < 1:2023304/150‑1 (MQ=255) ccACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGc > 1:3409736/1‑150 (MQ=255) cACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGcc > 2:1941135/1‑150 (MQ=255) cACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGcc > 2:2569391/1‑150 (MQ=255) aCGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCGACCCGAGAAACACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGccc < 1:1302445/150‑1 (MQ=255) tGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGcc < 2:2924417/150‑1 (MQ=255) ggATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCg > 1:3408807/1‑150 (MQ=255) tGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCAc < 1:4326810/150‑1 (MQ=255) 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1:1399709/126‑1 (MQ=255) tccgggCACAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCTGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGCTCGAGATGGTgc > 2:2619040/5‑150 (MQ=38) tggCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGcgcg < 2:172538/149‑1 (MQ=255) gggCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGcgcg > 1:2096506/2‑150 (MQ=255) ggCACAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCTGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCgg > 1:3831677/1‑150 (MQ=255) ggCACAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCTGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCgg > 1:3831517/1‑150 (MQ=255) cacAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGTCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCa > 2:3468578/3‑150 (MQ=255) ccAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCAt > 2:61301/1‑150 (MQ=255) cAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATg < 1:3132521/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGCGCAGCGAGACCTGGGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATg > 2:2881798/1‑150 (MQ=255) ggTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATggt < 1:2569391/150‑1 (MQ=255) tcGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATggtcggt > 2:1832972/1‑150 (MQ=255) tcGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATggtcggt > 2:1087871/1‑150 (MQ=255) tcGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATggtcggt > 1:3367572/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCa > 2:3950674/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCa < 1:666317/150‑1 (MQ=255) gCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCa > 1:4112757/1‑150 (MQ=255) tGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAgg < 2:2849342/150‑1 (MQ=255) tGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAgg < 2:2206832/150‑1 (MQ=255) tGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAgg < 1:599242/150‑1 (MQ=255) gcgACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGtt < 1:121167/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCg < 2:4940553/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCgg < 2:4651999/150‑1 (MQ=255) cTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGt < 2:4112757/150‑1 (MQ=255) gtgCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCa < 1:3049725/98‑1 (MQ=255) gtgCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCGTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGttt < 2:1041534/150‑1 (MQ=255) tgCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGtttt < 1:4425424/150‑1 (MQ=255) | TGGAACATTCGACCTGGCATTTCTCTATGACCACGACCTGGATGGCACTATCGAGGCCGAGCCGCTGATGCCGCCGCAGAAGCCCTATGTGCTGCTACCCGAGAACCACCGCTTTGCCAGCCAGGCCCAGGTCTCGCTGCGCGACCTGTGCCCGGAGCCGATGATCCTGCTGGACGTGGCCCCTAGCCGCACGTACTTTGTCAGCTTGTTCAACGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTT > NC_002947/2943159‑2943456 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |