| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,956,632 | T→G | 6.9% | intergenic (‑170/‑111) | PP_2586 ← / → PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,956,632 | 0 | T | G | 6.9% | 356.9 / 6.0 | 112 | intergenic (‑170/‑111) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/49); new base G (2/7); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCAC > NC_002947/2956484‑2956781 | gCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCtt < 2:3344129/150‑1 (MQ=255)gCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCtt < 2:3944339/150‑1 (MQ=255) aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGc > 2:2947300/1‑150 (MQ=255) ggACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGcc < 1:5150294/150‑1 (MQ=255) ggACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGcc < 1:3660669/150‑1 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGccc < 2:1199088/150‑1 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGccc > 1:548198/1‑150 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGccc < 1:604190/150‑1 (MQ=255) cacCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCATGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCgg < 2:3154788/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑t > 2:3412287/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑Tc > 1:94675/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑Tc > 1:94661/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTATGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑Tc > 1:94784/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCAACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑Tc > 1:94636/1‑150 (MQ=255) cgGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCAc < 1:2787654/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGGG‑CGGACACAGCCCGTGCCCGGC‑TCAcc > 1:687353/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCAccc < 1:3190264/150‑1 (MQ=255) gCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CAGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCaaa < 2:4600880/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAAtt > 2:2572242/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAAtt > 1:1507410/1‑150 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTga < 2:221132/117‑1 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTga > 1:221132/1‑117 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTg < 2:3383285/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTg > 1:1000155/1‑150 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGc > 2:3118883/1‑150 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGc > 2:3119041/1‑150 (MQ=255) tttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGc > 1:3206159/1‑150 (MQ=255) ttGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCt > 1:4900130/1‑150 (MQ=255) tGGGGTGAG‑CGGACCCAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCAAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCtt < 2:94661/150‑1 (MQ=255) 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aGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTct > 2:1406735/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCg > 1:2567322/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTGACCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCCGGGTGCCTGCAGCGCCGAGGGAGTATCTGCTCAACGACGAACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTc > 1:1059263/1‑150 (MQ=255) cTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCa > 1:4833866/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCAc > 1:3041054/1‑150 (MQ=255) | GCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCACCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAG‑CGGACACAGCCCTTGCCCGGC‑TCACCCCAAAGGGTGATTCC‑GGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGACCAATCAATTGCTTTCAGAACAATGGTTCGAGCAC > NC_002947/2956484‑2956781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |