Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,072,446 | T→C | 6.9% | intergenic (+49/‑305) | aldB‑II → / → pqqD‑II | aldehyde dehydrogenase/coenzyme PQQ synthesis protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,072,446 | 0 | T | C | 6.9% | 458.1 / 14.7 | 146 | intergenic (+49/‑305) | aldB‑II/pqqD‑II | aldehyde dehydrogenase/coenzyme PQQ synthesis protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/47); new base C (4/6); total (92/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCG > NC_002947/3072297‑3072595 | gtTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTTGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTc < 1:3834481/150‑1 (MQ=255) ttGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTcc > 1:3571840/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCa < 1:145837/150‑1 (MQ=255) 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acaAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTgaagaa > 2:783214/1‑150 (MQ=255) gatgatGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCtg > 1:74937/1‑150 (MQ=255) gatgatGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCtg > 1:75061/1‑150 (MQ=255) gatgatGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCtg > 2:517952/1‑150 (MQ=255) atgatgCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCTTCACCGGTTCTGGAACCAGCGGTGAACCtgt < 1:2234832/150‑1 (MQ=18) 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ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCAcatgc < 2:2037614/78‑1 (MQ=255) ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCGTTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCa > 1:3347065/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCa > 1:1804037/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAtt > 1:4622014/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAtt > 1:4517522/1‑150 (MQ=255) acaGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCAtt > 2:377314/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTa < 1:5027739/150‑1 (MQ=255) tGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCg < 1:3647964/150‑1 (MQ=255) | CCGGTGTTGGCCGTGAGACCCACAAGATGATGCTTGACCATTATCAGCAGACCAAGAACCTGCTGGTGAGCTACGACATCAATCCGCTGGGCTTCTTCTAAACCGCGTCGCGGCCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCACCGCTGGTTCCAGAACCGGTGAAGAACCTGTGGGGGCGGGCGAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACATGCATGGCCTACCCGTACCAACGCACCCCGCAAGCTCGTTCCAAAGTAGCATTCGGTCCAGTCCGCCCCCGTGCATTAATGCTTCTACCG > NC_002947/3072297‑3072595 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |