| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,078,060 | C→A | 7.9% | intergenic (‑43/+31) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,078,060 | 0 | C | A | 7.9% | 440.2 / 13.5 | 152 | intergenic (‑43/+31) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/64); new base A (10/4); total (84/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077911‑3078206 | aCGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTc < 2:4750482/150‑1 (MQ=255)aCGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTc < 2:4750568/150‑1 (MQ=255) gAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACgcgc > 1:3885713/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAgg < 2:4293093/150‑1 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAgg > 2:2547581/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCCCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCCGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTAGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCAGACCGGGCAGGCAAAAAgg > 2:1962039/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACAAGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCACTCTGTAACAGGCGATGCACCTGAACCCTGGCCTGCATCGATTAGGCGCCGCCCCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAgg > 2:1962131/1‑150 (MQ=255) ttGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTa < 2:2541873/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAg > 1:5329854/1‑142 (MQ=255) ttGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAg < 2:5329854/142‑1 (MQ=255) ggAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCAcc > 2:4682929/1‑150 (MQ=255) aaGGGTCGTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGc < 2:3885713/150‑1 (MQ=255) cggTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCa > 1:4239998/2‑150 (MQ=255) ttGCCGCGCGAGTGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTc > 2:813040/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCGCGAGTGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTc > 2:4986411/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTc > 2:1127567/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTc > 1:1698421/1‑150 (MQ=255) aagCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACCTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCAGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTc > 2:2711857/3‑150 (MQ=255) ccGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCggg > 1:2345093/1‑111 (MQ=255) ccGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCggg < 2:2345093/111‑1 (MQ=255) ccGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAgg > 1:4829654/1‑150 (MQ=255) cgcccgcgcgcgGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGt < 1:684804/144‑1 (MQ=255) cGCACTCGCGCGGCACGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGt < 1:1806750/150‑1 (MQ=255) aCTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAc > 1:5170122/1‑150 (MQ=255) | ACGAACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGTGTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGTGAC > NC_002947/3077911‑3078206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |