| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,193,785 | A→C | 15.4% | M60R (ATG→AGG) | PP_2800 ← | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,193,785 | 0 | A | C | 15.4% | 303.0 / 14.2 | 155 | M60R (ATG→AGG) | PP_2800 | diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/68); new base C (25/2); total (85/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CGGTGAACTGCACCTTGTAGTCCCAGCCTCGTGGCTTGAGCAGGTCACGCTCGATCGACTCCAGGAACTGGCGCTTGGTGGTGGTGTGCAGGTCGAGGGCATGGGTCACGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCGGCAGTACATCCGCACGTTGGAC > NC_002947/3193639‑3193931 | cGGTGAACTGCACCTTGTAGTCCCAGCCTCGTGGCTTGAGCAGGTCACGCTCGATCGACTCCAGGAACTGGCGCTTGGTGGTGGTGTGCAGGTCGAGGGCATGGGTCACGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATgc > 2:2644851/1‑150 (MQ=255)cGGTGAACTGCACCTTGTAGTCCCAGCCTCGTGGCTTGAGCAGGTCACGCTCGATCGACTCCAGGAACTGGCGCTTGGTGGTGGTGTGCAGGTCGAGGGCATGGGTCACGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATgc > 2:726247/1‑150 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGTCCCAGCCTCGTGGCTTGAGCAGGTCACGCTCGATCGACTCCAGGAACTGGCGCTTGGTGGTGGTGTGCAGGTCGAGGGCATGGGTCACGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCggggc > 2:1071922/1‑148 (MQ=255) 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aCGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACAcc > 1:1085907/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAg < 2:2587828/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAg > 2:4565842/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAg > 2:4565824/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGc < 2:2399301/150‑1 (MQ=255) ggCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCaa < 2:4847855/150‑1 (MQ=255) cGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTc > 1:1741942/1‑150 (MQ=255) cggTAGGCGATCAACGCATCGCGCAGGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGACGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCgg < 1:1982680/149‑1 (MQ=255) aGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCCTGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCgg > 2:3405649/1‑150 (MQ=255) ggTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCGGc < 2:1224320/150‑1 (MQ=255) gTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCGGCa < 1:726247/150‑1 (MQ=255) ctCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCGGCAGTACATc < 1:2693849/149‑1 (MQ=255) tCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTtg > 2:4183797/1‑101 (MQ=255) tCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTtg < 1:4183797/101‑1 (MQ=255) tCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTtg < 1:1437208/101‑1 (MQ=255) tCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTtg > 2:1437208/1‑101 (MQ=255) 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CGGTGAACTGCACCTTGTAGTCCCAGCCTCGTGGCTTGAGCAGGTCACGCTCGATCGACTCCAGGAACTGGCGCTTGGTGGTGGTGTGCAGGTCGAGGGCATGGGTCACGCCGTTGGCCGACAGGTAGGCGATCAACGCATCGCGCATGCGCGGGTCGTTGTGGCCATAGTTCAGGGCGCCGGCGCCGGCGAAGAAGTCCAGGTACTCGCGGCCATCTTCGCCGCGGATCTTGCTGCCCTGGGCGGTATCGAACACCAGCGGCAAGTCGCGGCAGTACATCCGCACGTTGGAC > NC_002947/3193639‑3193931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |