| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,201,372 | C→G | 5.3% | A36A (GCG→GCC) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,201,372 | 0 | C | G | 5.3% | 510.2 / 13.5 | 152 | A36A (GCG→GCC) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/66); new base G (6/2); total (84/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCC > NC_002947/3201225‑3201521 | ccccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGc < 2:5235330/150‑1 (MQ=255) cccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCa > 1:3506565/1‑150 (MQ=255) cccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCa > 1:287177/1‑150 (MQ=255) 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cACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGc > 1:5196234/1‑150 (MQ=255) cGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GAt > 2:1433884/1‑150 (MQ=255) gccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg > 1:4424523/1‑150 (MQ=255) gTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgtg < 2:3854609/150‑1 (MQ=255) gTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgtg < 2:1549748/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGc < 1:984326/150‑1 (MQ=255) gcCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGtt < 2:5026254/150‑1 (MQ=255) gcCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGtt > 1:3839259/1‑150 (MQ=255) gcCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGtt > 1:3897948/1‑150 (MQ=255) ccTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTg < 1:4578044/150‑1 (MQ=255) ccTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTg < 2:2635563/150‑1 (MQ=255) ccTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTg < 2:3277492/150‑1 (MQ=255) aCGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCGAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCAc > 1:421951/1‑146 (MQ=255) aCGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCAc < 2:421951/146‑1 (MQ=255) ttGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTc > 1:1105599/1‑150 (MQ=255) 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aCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGa < 2:5170830/150‑1 (MQ=255) cGATTGTTGCGGCATGTTTATAAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGACACCCCATGTTCCGCGAt < 2:4109956/150‑1 (MQ=255) gATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATc > 1:3930951/1‑150 (MQ=255) gCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCa > 1:3966562/1‑150 (MQ=255) cGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCa > 2:3605420/1‑125 (MQ=255) 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2:1133161/150‑1 (MQ=255) cAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCtt < 1:3175278/150‑1 (MQ=255) aaCGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCttt > 2:3547685/1‑150 (MQ=255) aaCGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCttt > 1:2249083/1‑150 (MQ=255) gATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCg > 1:2736997/1‑150 (MQ=255) gATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCg < 2:4437487/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTcc < 2:337164/141‑1 (MQ=255) tGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTcc > 1:337164/1‑141 (MQ=255) gCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTa < 2:2432008/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAt < 1:2744580/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAtt < 1:4790183/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAtt < 1:4790192/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTACAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAtt > 1:2063467/1‑150 (MQ=255) acccggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAtt > 2:4083328/4‑150 (MQ=255) ggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgccg > 2:1240127/1‑150 (MQ=255) gcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATa > 2:833529/1‑83 (MQ=37) gcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATa < 1:833529/83‑1 (MQ=37) gAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGccgccg > 1:2401049/1‑150 (MQ=255) gAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGccgccg < 1:4211903/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGcc > 1:4717369/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGcc > 2:3175852/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTAGGCCACCCCATGATCCGCGAACACCATCACGGTGGCCGAGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGGATTGCCGCCGGcc > 1:415146/1‑150 (MQ=255) ctgcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCtt < 1:1433884/150‑1 (MQ=255) tgcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTg > 2:3015498/1‑150 (MQ=255) gcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTgg < 1:3297135/150‑1 (MQ=255) | CCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCC > NC_002947/3201225‑3201521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |