| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,275,053 | A→T | 9.1% | Y277F (TAT→TTT) ‡ | PP_2870 → | spermidine/putrescine‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,275,053 | 0 | A | T | 9.1% | 462.9 / 26.7 | 152 | Y277F (TAT→TTT) ‡ | PP_2870 | spermidine/putrescine‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/70); new base T (6/8); total (73/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GACCTCCACCTACAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTGGGTACCCACTTCGCCACAGAACCTGCAAGGGGCGCTGGCCATGAAC > NC_002947/3274904‑3275201 | gACCTCCACCTACAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTa > 2:1676869/1‑150 (MQ=255) cTCCACCTACAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGc < 2:3610952/150‑1 (MQ=255) cTCCACCTACAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGc < 1:3370992/150‑1 (MQ=255) aCCTACAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAAt > 1:5334156/1‑150 (MQ=255) cTACAGCGGACGAATTGCGGTGGTGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCa > 2:4541482/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGGCATAGGCAATCAGc < 1:1070041/150‑1 (MQ=255) aCAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGGCATAGGCAATCAGc < 1:4308238/150‑1 (MQ=255) cAGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGcc < 1:4898637/150‑1 (MQ=255) aGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCg < 2:4306419/150‑1 (MQ=255) aGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCg < 1:3121223/150‑1 (MQ=255) aGCGGACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCg > 1:2626764/1‑150 (MQ=255) ggACGAAGTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGAt < 2:4492267/150‑1 (MQ=255) gACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATa < 2:810711/150‑1 (MQ=255) gACGAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATa > 2:2988757/1‑150 (MQ=255) gAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATAccc < 2:1717316/150‑1 (MQ=255) gAATTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATAccc > 2:3944480/1‑150 (MQ=255) aaTTGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCa < 1:4690686/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGt < 1:269491/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTg > 1:5186469/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCGCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGt > 2:1760343/1‑150 (MQ=255) gcggcgCAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTAt < 2:1919412/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTAtgtg < 1:3276261/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGGCAGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTgca < 1:3862865/150‑1 (MQ=255) 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aGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTgc < 2:4426253/139‑1 (MQ=255) aGCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTgc > 1:4426253/1‑139 (MQ=255) gCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCTGCAGATACCCt > 2:4669573/1‑150 (MQ=255) gCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCt > 2:2011504/1‑150 (MQ=255) gCCCGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCt > 1:549889/1‑150 (MQ=255) cccGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTa > 1:5417809/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTa < 2:1577568/131‑1 (MQ=255) ccGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTa > 1:1577568/1‑131 (MQ=255) cGTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATg < 1:1323965/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATgg < 2:4152508/150‑1 (MQ=255) cGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGccaac > 1:807981/1‑150 (MQ=255) cGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGccaac < 2:1472530/150‑1 (MQ=255) cGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGccaac < 2:2800374/150‑1 (MQ=255) cGTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGccaac < 2:3194239/150‑1 (MQ=255) gTGGTATGGCCTGGCAGCCTGTACGGTATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGccaacc > 1:4825549/1‑150 (MQ=255) 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tATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGa > 2:4828364/1‑150 (MQ=255) tATGGACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGa > 2:2523899/1‑150 (MQ=255) ggACTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGAccc > 2:4965598/1‑150 (MQ=255) aCTATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCgg < 1:3622106/150‑1 (MQ=255) tATTGGGCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGgcg > 1:2820166/1‑150 (MQ=255) 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gggCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTgg > 2:685831/1‑150 (MQ=255) ggCGATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGc > 1:4625599/1‑150 (MQ=255) gATCATCAAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGccca > 1:640425/1‑148 (MQ=255) atcaAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTgg < 2:5279099/150‑1 (MQ=255) atcaAAGGCTCGCGGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTgg < 2:2369463/150‑1 (MQ=255) 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gcgGCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTGGGTACCCACTTc < 1:377178/150‑1 (MQ=255) ggCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTGGGTACCCACTTCGc > 1:4877004/1‑150 (MQ=255) gCATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTGGGTACCCACTTCGcc > 2:1462759/1‑150 (MQ=255) cATGTCGACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTATGTGCTGCAGATACCCTTTGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTGGCCAACTGGGTACCCACTTCGCca < 2:4181480/150‑1 (MQ=255) gACCAGGCCAAGCGGCTGATTGCCTATGCCAATCAGCCGGATACCCAGGTGCGGTGTGTGCAGCAGATACCCTATGGGCCAACCAATACCCAAGCCGCGGCCAGGCTTGACCCGGCGCTg > 2:636445/1‑120 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |