| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,358,309 | G→T | 7.6% | A168A (GCC→GCA) | PP_2952 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,358,309 | 0 | G | T | 7.6% | 429.9 / 19.0 | 132 | A168A (GCC→GCA) | PP_2952 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/58); new base T (7/3); total (71/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CAGAGCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCTATATAGTTGGCGTCGGCGTTCAGGCCATAGCGGATGGCGATATCTACCGGATCGCGAAAAAGATCGGCGATCTGGTCGGAGAGAAACAAGCGCAGGTTCAACTGTGG > NC_002947/3358160‑3358458 | cAGAGCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAg < 2:2839129/150‑1 (MQ=255)cAGAGCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGGTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAg < 2:4338296/150‑1 (MQ=255) agagCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAgg < 1:3879123/150‑1 (MQ=255) agagCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGCACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACACGGGCGAgc > 1:190878/1‑149 (MQ=255) cAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGccac < 2:3005214/150‑1 (MQ=255) gggCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGccacca < 2:2932577/150‑1 (MQ=255) aCTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCgg > 1:1187009/1‑150 (MQ=255) aCTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCgg > 2:3544355/1‑150 (MQ=255) ttGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGtt < 2:4268156/150‑1 (MQ=255) aCGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCaa > 1:1117936/1‑150 (MQ=255) ggTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAgg > 1:2080909/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGt < 2:1790893/150‑1 (MQ=255) gCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCa < 1:4278573/150‑1 (MQ=255) gcatccacagttgaacctgcgcttgtttctctccgaccagatcgccgatctttttcgcgatccggtagatatcgccatccgctatggcctgaacgccgacgccaactatatagcccTGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGt > 2:4824471‑M1/117‑150 (MQ=255) gTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGt < 2:2204806/150‑1 (MQ=255) ttCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTg > 1:1018787/1‑150 (MQ=255) tCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTgg < 1:350513/150‑1 (MQ=255) cccAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGc > 2:3727871/1‑150 (MQ=255) 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gCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCta > 1:2988773/1‑150 (MQ=255) ccACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCtat > 1:4967547/1‑150 (MQ=255) cACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCtata > 2:4374308/1‑150 (MQ=255) aCTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCtatat > 1:5195212/1‑150 (MQ=255) aCTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCGTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCtatat > 1:2495275/1‑150 (MQ=255) 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gAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCTATATAGTTGGCGTCGGCGTTCAGGCCATAGCGGATGGCGATATCTACCGGATCGCGAAAAAGATCGGCGATCTGGTCGGAGAGAAACAAGCGCAGGTTCAACtgt > 1:1579421/1‑150 (MQ=255) ggCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGACAGGGCTATATAGTTGGCGTCGGCGTTCAGGCCATAGCGGATGGCGATATCTACCGGATCGCGAAAAAGATCGGCGATCTGGTCGGAGAGAAACAAGCGCAGGTTCAACTGTgg < 1:5157503/150‑1 (MQ=255) | CAGAGCAGGGCGCCACGCACTTGGACGGTCTGCGTTCCCAGTTGCCACTTGTCGTAGACCCGCCCCTGCTGCATGTACAGCAGGCACTGGTGTTCGAGCAGATCTCCAGGCGCTTGGACGGTGCCTTGCCGCGCCAGGTACTCGGGCGAGGCCACCAGCACCTTGCGGTTCCAAGGTGCCAGTGGCAGGGCTATATAGTTGGCGTCGGCGTTCAGGCCATAGCGGATGGCGATATCTACCGGATCGCGAAAAAGATCGGCGATCTGGTCGGAGAGAAACAAGCGCAGGTTCAACTGTGG > NC_002947/3358160‑3358458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |