Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,432,314 | G→C | 7.2% | S189S (TCG→TCC) | PP_3045 → | ATP‑dependent protease ClpP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,432,314 | 0 | G | C | 7.2% | 633.6 / 28.9 | 193 | S189S (TCG→TCC) | PP_3045 | ATP‑dependent protease ClpP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/72); new base C (9/5); total (116/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGACCGA > NC_002947/3432167‑3432463 | cGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGa > 1:1796289/1‑150 (MQ=255) gCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTg < 1:1117461/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTg > 2:1198948/1‑150 (MQ=255) cGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGgc > 1:5173710/1‑150 (MQ=255) gAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTCTAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGC‑CACGGCCTCCGAGGCCGTgagcc < 2:296481/150‑5 (MQ=255) gtcgGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTgg > 2:1353516/1‑150 (MQ=255) gtcgGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTgg < 2:2689315/150‑1 (MQ=255) tcgGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGc > 2:3920555/1‑150 (MQ=255) 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ataAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGgcg > 1:2162562/1‑150 (MQ=255) acaaGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGgcg > 2:368624/3‑150 (MQ=255) gCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCgcggcg > 1:5355697/1‑150 (MQ=255) gCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCgcggcg > 2:479361/1‑150 (MQ=255) gCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCgcggc < 1:3157420/149‑1 (MQ=255) 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2:3933684/150‑1 (MQ=255) cACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATgg < 2:439797/150‑1 (MQ=255) aCGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATggg < 1:1086955/150‑1 (MQ=255) aCGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATggg < 2:3959094/150‑1 (MQ=255) aCGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATggg > 2:338119/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATgggg < 1:460924/150‑1 (MQ=255) tCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGAcc > 1:2916025/1‑150 (MQ=255) tCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGAcc > 2:1815438/1‑150 (MQ=255) ggAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGACCGa < 1:264862/150‑1 (MQ=255) | CGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTCGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGACCGA > NC_002947/3432167‑3432463 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |