| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,481,961 | T→A | 7.0% | Q408L (CAG→CTG) | PP_3090 ← | OmpA domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,481,961 | 0 | T | A | 7.0% | 572.5 / 22.7 | 182 | Q408L (CAG→CTG) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/85); new base A (6/7); total (90/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TGCACAGCACCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTAAGGGTTG > NC_002947/3481812‑3482110 | tGCACAGCACCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCggct < 1:3446519/150‑1 (MQ=255) acaGCACCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCggctggc > 2:1269607/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCg < 1:3412164/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGc > 1:2379617/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑ATATGCTGGTCGGGAATGATCTCTTTGCGGAACTGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 2:3101518/150‑2 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAGTGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 1:3658630/150‑2 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 2:3762016/150‑2 (MQ=255) gTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcgc < 2:716967/150‑3 (MQ=255) tGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGt < 1:3848351/150‑1 (MQ=255) cgccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGcc > 1:482660/1‑150 (MQ=255) gccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGccc > 1:1582344/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTAc < 2:2489176/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTAc < 1:4598958/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTAcc < 2:5277537/150‑1 (MQ=255) cggcggCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AACTGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCtt < 1:4575914/150‑1 (MQ=255) cggcggCGCCCAACCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGGTGGTGTACAGCGCCACC‑ATATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGACGGCTGGCTGCCGGCATTGCCCGTACCtt < 1:1465459/150‑1 (MQ=255) gcggcgCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCt > 1:74064/1‑150 (MQ=255) gcggcgCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGGGCCCGTACCTTCt < 2:4042923/150‑1 (MQ=255) 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1:1257258/6‑150 (MQ=255) actgcCGGCAGCCAGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTgg > 2:1462268/4‑150 (MQ=255) tgcCGGCAGCCAGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGGGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTa > 2:2311746/2‑150 (MQ=255) gcCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGGACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTaa < 2:3577762/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTAAgg > 2:1193580/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTAAgg < 1:1132317/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |