| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,481,965 | T→A | 7.0% | S407C (AGC→TGC) ‡ | PP_3090 ← | OmpA domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,481,965 | 0 | T | A | 7.0% | 589.1 / 22.7 | 182 | S407C (AGC→TGC) ‡ | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/84); new base A (6/7); total (90/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CAGCACCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTAAGGGTTGGCAC > NC_002947/3481816‑3482114 | aCCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCg < 1:3412164/150‑1 (MQ=255) aCCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCg < 1:2393570/150‑1 (MQ=255) aCCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCg < 2:4427695/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGACTGATCACTTTGCGGAACAGGCTGGTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGc > 1:4567042/1‑150 (MQ=255) cAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGc > 1:2379314/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑ATATGCTGGTCGGGAATGATCTCTTTGCGGAACTGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 2:3101518/150‑2 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCa < 1:2183805/150‑1 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 2:3762016/150‑2 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 1:3658601/150‑2 (MQ=255) aGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcg < 1:3658633/150‑2 (MQ=255) gTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGTGCCGGCAGCCAGCCGGcgc < 2:1461518/150‑3 (MQ=255) gTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCAGCCAGCCGGcgc < 2:716967/150‑3 (MQ=255) tGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGt < 1:2425104/150‑1 (MQ=255) cgccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGcc > 1:482548/1‑150 (MQ=255) gccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACCGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGACTGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGccc > 1:4591784/1‑150 (MQ=255) gccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGccc > 1:1582344/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCg > 1:3831480/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTAc < 2:2489176/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTAcc < 2:5277537/150‑1 (MQ=255) cggcggCGCCCAACCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGGTGGTGTACAGCGCCACC‑ATATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGACGGCTGGCTGCCGGCATTGCCCGTACCtt < 1:1465459/150‑1 (MQ=255) ggcggcGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGAGGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTc > 2:1164160/1‑150 (MQ=255) gcggcgCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCt > 1:74064/1‑150 (MQ=255) cggcgCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTg > 1:497493/1‑150 (MQ=255) 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2:497493/150‑1 (MQ=255) aGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTc < 1:4264656/150‑1 (MQ=255) gcactgcCGGCAGCCAGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCt > 1:1257258/6‑150 (MQ=255) cggcgCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTg > 1:466405/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGt > 2:1484841/1‑150 (MQ=255) tgcCGGCAGCCAGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGGGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTa > 2:2311746/2‑150 (MQ=255) 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CAGCACCAGTGCCGCCAGGCCGGCGGCGCCCACCCACCCGGCCTTGCGCCGGCGTTCACGGTGGTTGCTGGTGTACAGCGCCACC‑AAATGCTGGTCGGGAATGATCACTTTGCGGAACAGGCTGTTGATGAACAGCGGCGCCGGCTGGCTGCCGGCAGTGCCCGTACCTTCTGCGTGTTCGAGCGCGAAGCGTTCGGCCACATGCTGGCCGTGGCAGCCCCACTGAGCCTCGTCGGCCTGCAGCGCCGCGGTGAAATAGAAACCGCGCAGCATTTCGGCATTCTGGTAAGGGTTGGCAC > NC_002947/3481816‑3482114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |