| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,494,354 | A→C | 5.0% | P10P (CCT→CCG) L605R (CTG→CGG) |
PP_3096 ← PP_3097 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,494,354 | 0 | A | C | 5.0% | 507.5 / 8.8 | 152 | P10P (CCT→CCG) L605R (CTG→CGG) | PP_3096 PP_3097 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/83); new base C (2/7); total (62/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CAGCTGGGTACGAAAACGCAGCGGGTCTTCGTGCGGCCGGGTTGCCAGGTCCATGCGCCCGGTGCGGCTGTAGTGCAGGCGGAGCAGGCGCACCAATTGAAAGAATTCGAATCGGTGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCAGCACCCTGCCGAACAGAAACACGCCGCTGCC > NC_002947/3494207‑3494502 | gCTGGGTACGAAAACGCAGCGGGTCTTCGTGCGGCCGGGTTGCCAGGTCCATGCGCCCGGTGCGGCTGTAGTGCAGGCGGAGCAGGCGCACCAATTGAAAGAATTCGAATCGGTGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAgggg < 2:3684075/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTACGAAAACGCAGCGGGTCTTCGTGCGGCCGGGTTGCCAGGTCCATGCGCCCGGTGCGGCTGTAGTGCAGGCGGAGCAGGCGCACCAATTGAAAGAATTCGAATCGGTGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAgggg < 2:4292050/150‑1 (MQ=255) tGGGTACGAAAACGCAGCGGGTCTTCGTGCGGCCGGGTTGCCAGGTCCATGCGCCCGGTGCGGCTGTAGTGCAGGCGGAGCAGGCGCACCAATTGAAAGAATTCGAATCGGTGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCt < 1:4860905/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGCTCGGCTCGGGCCTGTTCGATCAGACCAGGGGCTTATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCATGGTCAGTTGTGTGAAACTGTTCATCTAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCa < 2:252360/150‑1 (MQ=255) tGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCa < 2:887160/150‑1 (MQ=255) tGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCa < 2:511830/150‑1 (MQ=255) ctcggctcggGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCAGCAcc > 2:708916/1‑150 (MQ=255) ctcggctcggGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCAGCAcc < 1:461454/150‑1 (MQ=255) 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cAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCAGCACCCTGCCGAACAGAAACACGCCGCTGcc > 2:3829018/1‑150 (MQ=255) | CAGCTGGGTACGAAAACGCAGCGGGTCTTCGTGCGGCCGGGTTGCCAGGTCCATGCGCCCGGTGCGGCTGTAGTGCAGGCGGAGCAGGCGCACCAATTGAAAGAATTCGAATCGGTGCGGCTCGGCTCGGGCCTGATCGATCAGACCAGGGGCTGATCGCCGGTGCGTGCTGGCCATTGTACGACTCTCTTTTCTCGTTGTTGGGTGCGCAGGGTCAGTTGGGTGAAACTGTTCATCGAGCAGTACTGGCCGAAGAAGTGGTCCAGCACCCTGCCGAACAGAAACACGCCGCTGCC > NC_002947/3494207‑3494502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |