| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,682,703 | C→G | 5.9% | intergenic (+24/+20) | crtZ → / ← PP_3247 | beta‑carotene hydroxylase/bile acid/Na+ symporter family transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,682,703 | 0 | C | G | 5.9% | 622.7 / 21.2 | 187 | intergenic (+24/+20) | crtZ/PP_3247 | beta‑carotene hydroxylase/bile acid/Na+ symporter family transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/94); new base G (6/5); total (88/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCGTTGTTC > NC_002947/3682556‑3682852 | CCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTg < 2:1429369‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGc < 2:878479‑M1/150‑1 (MQ=255) cgcgcACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCg < 2:487212/150‑1 (MQ=255) 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gCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCTGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCAt < 2:4271637/150‑1 (MQ=255) cgatgCCCGGCAGGTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCAt > 2:4353608/5‑150 (MQ=255) aCGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATgg > 1:3361105/1‑150 (MQ=255) aCGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATgg > 1:635162/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTc < 1:5146757/150‑1 (MQ=255) 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2:1092193/150‑1 (MQ=255) | CCGCGCGCACCGCTTGCACCATGCGGTGAAGGGGCGCACGGGGAGCGTGTCGTTCGGGTTCTTCTATGCGCCGCCGCTGAAGGTGTTGAAGCAGCAATTGCGCAGCAGGCGCAGCCAATCGTGACGCATCCCTGGCACGCCCGGCACCTGCCGGGCATCGGGTGAAATCAGTTCACGGTTTCACCCTTGGGCTCAGCCGCCACATGCCCGCGGCTCACCCACCAGCCAAACCCGGCCGCGGTAAAGAACATGATCAAGCTGTACAACGCAGCCGGCACCGCCATGGTCGCGTTGTTC > NC_002947/3682556‑3682852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |