| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,704,222 | T→A | 6.4% | D104V (GAC→GTC) | PP_3268 ← | MutT/nudix family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 3,704,222 | 0 | T | A | 6.4% | 563.7 / 16.9 | 170 | D104V (GAC→GTC) | PP_3268 | MutT/nudix family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/81); new base A (5/6); total (83/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CATGAAATCGACGAGATGCCGATCGCGTCAGACGCAACGCAGTGGAGTGTGCACGCCTAGCTTACCGAACGGACGCCGCAGTGCTCGCGTCACAAGCCAGCAAGGAGCGGATCAGGGCCTTGATCTCGCCCTTCACCACAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGCCTTTAGCCCAGTCTCT > NC_002947/3704073‑3704371 | cATGAAATCGACGAGATGCCGATCGCGTCAGACGCAACGCAGTGGAGTGTGCACGCCTAGCTTACCGAACGGACGCCGCAGTGCTCGCGTCACAAGCCAGCAAGGAGCGGATCAGGGCCTTGATCTCGCCCTTCACCACAGCCACCTGGt < 2:4414746/150‑1 (MQ=255) aTGAAATCGACGAGATGCCGATCGCGTCAGACGCAACGCAGTGGAGTGTGCACGCCTAGCTTACCGAACGGACGCCGCAGTGCTCGCGTCACAAGCCAGCAAGGAGCGGATCAGGGCCTTGATCTCGCCCTTCACCACAGCCACCTGGTc > 1:365607/1‑150 (MQ=255) tGAAATCGACGAGATGCCGATCGCGTCAGACGCAACGCAGTGGAGTGTGCACGCCTAGCTTACCGAACGGACGCCGCAGTGCTCGCGTCACAAGCCAGCAAGGAGCGGATCAGGGCCTTGATCTCGCCCTTCACCACAGCCACCTGGTcc > 1:5339346/1‑150 (MQ=255) 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tcGCCCTTCACCACAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGc > 1:3472639/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCACCACAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGa < 2:2558900/150‑1 (MQ=255) tCACCACAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAg > 1:1711000/1‑150 (MQ=255) accacAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGcc < 2:4105773/150‑1 (MQ=255) ctttgcccACCTGGACCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTg < 2:1767558/115‑1 (MQ=255) ctttgcccACCTGGACCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTg > 1:1767558/7‑121 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cTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACATAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGCCTTTAGCCCAGt > 2:1060623/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGCCTTTAGCCCAGtctc < 2:3066724/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGCCTTTAGCCCAGTctct > 1:4946428/1‑150 (MQ=255) | CATGAAATCGACGAGATGCCGATCGCGTCAGACGCAACGCAGTGGAGTGTGCACGCCTAGCTTACCGAACGGACGCCGCAGTGCTCGCGTCACAAGCCAGCAAGGAGCGGATCAGGGCCTTGATCTCGCCCTTCACCACAGCCACCTGGTCCAGGTGGGCAAAGCGGCAGTCGGAGATCTCATGCCGGGCCTTGGGCTGCGGTGCGTCGGCAAACTCCGCTGCGAACACGTAATGCATCCGCTCTGGCGTTTCGTGGCGCATCAACAAAATCAGCGATTCAGCCTTTAGCCCAGTCTCT > NC_002947/3704073‑3704371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |