| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,818,468 | A→T | 5.8% | G106G (GGT→GGA) | cpxR ← | two‑component system regulator CpxR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,818,468 | 0 | A | T | 5.8% | 631.6 / 19.7 | 194 | G106G (GGT→GGA) | cpxR | two‑component system regulator CpxR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/102); new base T (6/5); total (85/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CTGCGCCCCAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGGAGATGCC > NC_002947/3818323‑3818617 | cTGCGCCCCAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCgg > 1:3089016/1‑150 (MQ=255) tGCGCCCCAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTGTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCggg > 2:2145385/1‑150 (MQ=255) gcgcCCCAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGga < 1:1607515/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTg < 2:3483738/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTg < 2:3483868/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCTCCCGGTGAGCTgg < 2:4822806/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTgg < 1:2679299/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCTCCCGGTGAGCTggt < 2:505079/150‑2 (MQ=255) 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ttGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACgcggc < 1:1225999/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACgcggc < 1:3989938/150‑1 (MQ=255) cccGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCgca < 2:8611/150‑1 (MQ=255) cccGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCgca > 2:3199590/1‑150 (MQ=255) ccGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCTCGCGGCgcag < 2:1316470/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCgcag < 2:3464009/150‑1 (MQ=255) cGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCgcagc > 1:394268/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCACCAGCTCCCCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTc < 1:3494222/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTc > 1:4873945/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTc < 1:2769748/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTc < 2:1867836/150‑1 (MQ=255) gTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGa < 1:1722172/150‑1 (MQ=255) gTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGa < 1:1721715/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATAc > 1:5139273/1‑150 (MQ=255) gcccaGCTCTCCCGGTGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATAcc > 1:99610/3‑150 (MQ=255) ccaGCTCTCCCGGTGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCgg > 2:366972/1‑150 (MQ=255) caGCTCTCCCGGTGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGga > 2:3400885/1‑150 (MQ=255) caGCTCTCCCGGTGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGga > 2:1690903/1‑150 (MQ=255) caGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGga < 2:1805231/150‑1 (MQ=255) cACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGGAGATGc > 2:4046805/1‑150 (MQ=255) aCCGGGAGAGCTGGGCTTGGGTACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGGAGATGcc > 2:2755113/1‑150 (MQ=255) | CTGCGCCCCAGCGCGCCTCGCGCCGCCCCGGCCACATTTTCAATGCGCCACTGCGTACCTGTTCAGGTACCTCGGGCGCGCTGGTTTCACCCATCAGGTATGGCTGCACGCGACGCAGTATTGCCCGCAGGCGTGCCACCAGCTCACCGGGAGAGCTGGGCTTGGGCACATAGTCATCGGCCCCCAGCTCCAGGCCGGCAATGCGGTCGATGTTGTCACCGCGTGCTGTCAGCAGCAGCACCGGCACCTGACTACGTGCACGCACGCGGCGCAGCACCTCGATACCGGAGATGCC > NC_002947/3818323‑3818617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |