Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,884,779 | A→G | 5.6% | intergenic (+56/‑169) | oprN → / → PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,884,779 | 0 | A | G | 5.6% | 517.5 / 12.0 | 163 | intergenic (+56/‑169) | oprN/PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/78); new base G (4/5); total (80/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TCAGGGTGAAGTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTT > NC_002947/3884630‑3884926 | tCAGGGTGAAGTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCAAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCa > 1:1342971/1‑150 (MQ=255) gTGAAGTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCa < 2:4456551/150‑1 (MQ=255) gTGAAGTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCa < 2:4128681/150‑1 (MQ=255) gTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGcc > 2:1174323/1‑150 (MQ=255) tCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGccc > 1:3456868/1‑150 (MQ=255) tCGACCTATATCGCGGCATCGTATCGATCTACAAGGACATGGTAGGCGGCTCGAAAAAGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTACACTCACTCAACGACTCCGTAGGTTGGCTCCACCCCCAACCCTTTGCCCCGCACGCCATGGccc > 2:4547559/1‑150 (MQ=255) cGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcg < 1:4381308/150‑1 (MQ=255) cGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcg < 1:4381309/150‑1 (MQ=255) gACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCTGGCCATGGCCcgc > 1:4175089/1‑150 (MQ=255) gACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcgc > 1:3111406/1‑150 (MQ=255) gACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcgc > 1:193387/1‑150 (MQ=255) aCCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcgcg > 1:3604119/1‑150 (MQ=255) ccTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACACGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGGGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCACCGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCgg < 1:650153/150‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCAGGGCCCGCgg < 2:2837434/150‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGGGGCCAGCGCGCACTGATTCCACGGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCCACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCgg < 2:2292469/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACACGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 2:517184/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 2:4347222/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTAGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 1:5440317/150‑1 (MQ=255) 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tctcGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGc > 1:3034710/1‑150 (MQ=255) ctcGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGcc > 2:4992560/1‑150 (MQ=255) tcGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGATACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCa > 2:2136036/1‑150 (MQ=255) tcGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCa > 1:3316273/1‑150 (MQ=255) gATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATc > 1:3607129/1‑150 (MQ=255) 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ccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGc > 1:1529137/1‑150 (MQ=255) ccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGc > 1:2679718/1‑150 (MQ=255) cAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCa > 1:5269805/1‑77 (MQ=255) cGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAg < 2:3456868/150‑1 (MQ=255) aaaaagCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAg > 2:833971/6‑150 (MQ=255) ccccGCGGGCCATGGCCTGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGc > 2:39657/1‑150 (MQ=255) ccccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGc < 2:4559395/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGc < 1:4919716/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGc < 2:3111406/150‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTg < 1:2421832/119‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTg > 2:2421832/1‑119 (MQ=255) cGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAcc < 1:1972408/49‑1 (MQ=255) gCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctgg > 2:4691028/1‑85 (MQ=255) gCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctgg < 1:4691028/85‑1 (MQ=255) gCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCtt < 1:1066207/150‑1 (MQ=255) | TCAGGGTGAAGTCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTT > NC_002947/3884630‑3884926 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |