| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,884,790 | C→T | 5.8% | intergenic (+67/‑158) | oprN → / → PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 3,884,790 | 0 | C | T | 5.8% | 479.4 / 11.7 | 154 | intergenic (+67/‑158) | oprN/PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/77); new base T (4/5); total (72/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAC > NC_002947/3884641‑3884937 | cGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcg < 1:4381309/150‑1 (MQ=255) cGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCcg < 1:4380925/150‑1 (MQ=255) gACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCTGGCCATGGCCcgc > 1:4175089/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGCGGGGCTTTTTTATGTTTTCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCTGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGGATTTAACCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAc < 1:4547559/150‑1 (MQ=255) | TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCCCGCCGCCAC > NC_002947/3884641‑3884937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |