Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,902,082 | C→A | 5.7% | P175Q (CCG→CAG) | PP_3443 → | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,902,082 | 0 | C | A | 5.7% | 578.8 / 17.1 | 174 | P175Q (CCG→CAG) | PP_3443 | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/74); new base A (3/7); total (92/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
ATCGGCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAGC > NC_002947/3901934‑3902229 | tCGGCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGc > 2:4440081/1‑150 (MQ=255) gCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTgg < 2:3214578/150‑1 (MQ=255) gCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATAGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGTCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTgg < 2:3748837/150‑1 (MQ=255) cAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTggg < 1:2363171/150‑1 (MQ=255) aaCCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTg < 1:1938857/150‑1 (MQ=255) aCCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCACGCCCAGCGGGGCGCgg < 1:1845307/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGcc > 2:4416382/1‑150 (MQ=255) cTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGcc < 1:2189691/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCACGCCCAGCGGGGCGCGGcg < 1:3717400/150‑2 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:2730539/1‑150 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:3270216/1‑150 (MQ=255) aaGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCtg > 2:5077159/1‑150 (MQ=255) ggATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCtgta > 2:3353513/1‑149 (MQ=255) gATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGc < 2:3102325/150‑1 (MQ=255) aTTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCa > 1:102400/1‑150 (MQ=255) ttCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCAt > 1:3978088/1‑150 (MQ=255) ttCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCAt > 1:3458857/1‑150 (MQ=255) tCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATg > 2:3878414/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATgggg < 2:102400/150‑1 (MQ=255) aaaGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGcc > 2:3719630/1‑150 (MQ=255) aGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCt < 1:1365412/150‑1 (MQ=255) ggAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTa > 1:3543674/1‑150 (MQ=255) ggAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTa > 2:4117600/1‑150 (MQ=255) ggAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCCATGCACAGGGccacg < 2:2107548/150‑4 (MQ=255) aTTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACaa < 1:2615661/150‑1 (MQ=255) aTTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACaa < 1:4245492/150‑1 (MQ=255) ttCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAAc > 2:2816921/1‑150 (MQ=255) tCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACt > 2:2209484/1‑150 (MQ=255) tCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACt < 2:2021139/150‑1 (MQ=255) tCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACt < 1:5284188/150‑1 (MQ=255) gACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTAc > 1:4763775/1‑150 (MQ=255) aCCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTAcc > 1:4091380/1‑150 (MQ=255) cGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCg < 1:3263711/150‑1 (MQ=255) 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gCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTAc < 2:3530128/150‑1 (MQ=255) cccTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTActgc < 2:3695531/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGa > 1:334761/1‑150 (MQ=255) ggccttttCCGCGGCGCCCGGCTGGGGGTGGCCCTGTGCTTGGGGCCCTACAACTACCGGCTGAACGAGACCTTCACCAGGCTCTTCCGGGGGTTTTTTTTGGGCAACAGGTTGGTGTTAATGCGGGCAATTTTCGGCTTACTGCTTATc < 2:4862152/143‑1 (MQ=255) ggCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATc > 2:4538693/1‑150 (MQ=255) aGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGAc < 1:611949/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGAccc < 1:2032075/150‑1 (MQ=255) agggccacGCCCAGCGGGGCGCGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCaa > 1:4377715/4‑124 (MQ=255) ggccacGCCCAGCGGGGCGCGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTAGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTg > 1:1744143/2‑150 (MQ=255) gccgcGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCATGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGc < 1:4895424/150‑1 (MQ=255) gcCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGaa < 2:1407374/150‑1 (MQ=255) gcCCAGCGGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACgaga < 1:2182835/55‑1 (MQ=255) ccccGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAg < 2:723877/150‑1 (MQ=255) | ATCGGCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAGC > NC_002947/3901934‑3902229 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |