| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,902,085 | T→G | 5.2% | L176R (CTG→CGG) | PP_3443 → | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,902,085 | 0 | T | G | 5.2% | 584.7 / 16.0 | 174 | L176R (CTG→CGG) | PP_3443 | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/76); new base G (3/6); total (92/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAGCGTTCC > NC_002947/3901938‑3902234 | gCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTgg < 2:3214646/150‑1 (MQ=255)gCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATAGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGTCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTgg < 2:3748837/150‑1 (MQ=255) aaCCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTg < 1:1938857/150‑1 (MQ=255) aCCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCACGCCCAGCGGGGCGCgg < 1:1845307/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGcc > 2:4416382/1‑150 (MQ=255) cTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGcc < 1:2189691/150‑1 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:3270216/1‑150 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:3395975/1‑150 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:2730539/1‑150 (MQ=255) tGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGccc > 1:3963354/1‑150 (MQ=255) ggATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCtgta > 2:3353513/1‑149 (MQ=255) aaTTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGc < 2:1845519/149‑1 (MQ=255) aTTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCa > 1:102400/1‑150 (MQ=255) ttCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCAt > 1:723877/1‑150 (MQ=255) ttCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCAt > 1:3458857/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATggg > 2:1487435/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATgggg > 2:4725322/1‑150 (MQ=255) aaaaGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGc < 1:567248/150‑1 (MQ=255) 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> 2:1571113/1‑130 (MQ=255) ccTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCt < 1:3586979/150‑1 (MQ=255) ccTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCt < 2:4188154/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAAc < 2:4016445/120‑1 (MQ=255) cTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAAc > 1:4016445/1‑120 (MQ=255) tCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGa > 1:4531651/1‑150 (MQ=255) cAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCtt < 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cccTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTActgc < 2:3695696/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGa > 1:334761/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGa > 1:3594032/1‑150 (MQ=255) ggccttttCCGCGGCGCCCGGCTGGGGGTGGCCCTGTGCTTGGGGCCCTACAACTACCGGCTGAACGAGACCTTCACCAGGCTCTTCCGGGGGTTTTTTTTGGGCAACAGGTTGGTGTTAATGCGGGCAATTTTCGGCTTACTGCTTATc < 2:4862152/143‑1 (MQ=255) ggCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATc > 2:4538693/1‑150 (MQ=255) aGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGAc > 2:3755922/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGAccc < 1:2032075/150‑1 (MQ=255) ggccacGCCCAGCGGGGCGCGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTAGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTg > 1:1744143/2‑150 (MQ=255) gcCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGaa < 2:1407374/150‑1 (MQ=255) gcCCAGCGGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACgaga < 1:2182835/55‑1 (MQ=255) ccccGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAg < 2:3458857/150‑1 (MQ=255) 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GCAAGAACCTGAAGGATTCGGAAAAGGAATTCGACCGCACCTGCGACTACATCGTCGACACCATCAACGCCCTCAAGGACCTGGACCGCCGCTCCAGCCGCTTCGAGCTGGAGCAAGGCACCCTCGGCCAGATCCGCCGCGCCCCGCTGGGCGTGGCCCTGTGCATGGGGCCCTACAACTACCCGCTGAACGAGACCTTCACCACGCTCATCCCGGCGCTGATCATGGGCAACACGGTGGTGTTCAAGCCGGCCAAGTTCGGCGTACTGCTGATCCGACCCTTGCTCGAAGCGTTCC > NC_002947/3901938‑3902234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |