| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,999,652 | C→A | 6.2% | H124Q (CAC→CAA) | PP_3526 → | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,999,652 | 0 | C | A | 6.2% | 538.4 / 18.2 | 162 | H124Q (CAC→CAA) | PP_3526 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/74); new base A (3/7); total (81/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTAC > NC_002947/3999507‑3999801 | tCAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCa > 1:1651775/1‑150 (MQ=255) cAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCAt < 1:3250835/150‑1 (MQ=255) aGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGAGTGCGCCGCCCACGGCATg > 2:4836613/1‑150 (MQ=255) gCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATgg > 2:2001281/1‑150 (MQ=255) cGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGc < 1:4401919/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCtt > 1:3215081/1‑150 (MQ=255) tGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTgg < 1:5129433/150‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcgg < 2:3449808/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggc < 2:957764/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggc < 1:5267675/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggc < 1:1821316/150‑1 (MQ=255) tGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggcg < 1:1406441/150‑2 (MQ=255) aaCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgt < 2:3011187/150‑1 (MQ=255) aaCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggcgcaa < 1:4902606/150‑5 (MQ=255) aCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgtg < 2:1842874/150‑1 (MQ=255) aCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgtg < 1:4789002/150‑1 (MQ=255) ggtggCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGaa < 2:58915/150‑1 (MQ=255) gtggCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAAc > 2:4127373/1‑150 (MQ=255) 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tCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGcc < 2:1651775/150‑1 (MQ=255) gATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCg > 1:702162/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCa > 1:3327428/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCa < 2:2542155/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCaca > 2:3914993/1‑148 (MQ=255) tAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCACCGTGCCCGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCa > 2:4644507/1‑150 (MQ=255) tAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCa > 1:2694995/1‑150 (MQ=255) aaCGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATc > 1:2432557/1‑150 (MQ=255) aCGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAAAGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGAAGCATCCACCCCGAGCAACGTGACAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCa > 2:1444404/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCAcccc < 1:4294765/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCAcccc < 2:2348412/150‑1 (MQ=255) acaagccgccCAAGGCCATGCCGTGGGCGGCTTATGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCAcccc > 1:4564625/5‑150 (MQ=255) cgccgcCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGc < 2:3582987/150‑1 (MQ=255) ccgccCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCa > 2:3727029/1‑150 (MQ=255) cccACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCt > 1:4302262/1‑150 (MQ=255) cACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCttt < 2:4119421/150‑1 (MQ=255) | TCAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTAC > NC_002947/3999507‑3999801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |