| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,999,656 | A→C | 5.5% | M126L (ATG→CTG) ‡ | PP_3526 → | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,999,656 | 0 | A | C | 5.5% | 541.2 / 15.9 | 164 | M126L (ATG→CTG) ‡ | PP_3526 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/76); new base C (2/7); total (81/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TCAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTACCCT > NC_002947/3999507‑3999804 | aGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGAGTGCGCCGCCCACGGCATg > 2:4836613/1‑150 (MQ=255) cGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGc < 1:4401919/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCtt > 2:2997236/1‑150 (MQ=255) tGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTgg < 1:5129433/150‑1 (MQ=255) ggggCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTggg < 1:1801053/150‑1 (MQ=255) ggCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGggcg < 1:2001281/150‑1 (MQ=255) ggCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGAGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcg < 1:1509677/150‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcgg < 2:3449808/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGggcggc < 2:1313197/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggc < 2:957764/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggc < 1:5267675/150‑1 (MQ=255) tGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggcg < 1:1406441/150‑2 (MQ=255) aaCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgt < 1:2225378/150‑1 (MQ=255) aaCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCAAGGCCATGCCGTGggcggcgcaa < 1:4902606/150‑5 (MQ=255) aCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgtg < 2:1842874/150‑1 (MQ=255) aCTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTtgtg < 1:4789002/150‑1 (MQ=255) ggtggCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGaa > 2:1016615/1‑150 (MQ=255) ggtggCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGaa < 2:58915/150‑1 (MQ=255) 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tAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCACCGTGCCCGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCa > 2:4644507/1‑150 (MQ=255) aaaCGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCAt < 1:1644531/150‑1 (MQ=255) aaCGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATc > 1:2432557/1‑150 (MQ=255) aaCGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATc > 1:1720623/1‑150 (MQ=255) acaagccgccCAAGGCCATGCCGTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCA‑CCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCg > 2:3537462/5‑150 (MQ=255) acaagccgccCAAGGCCATGCCGTGGGCGGCTTATGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCAcccc > 1:4564625/5‑150 (MQ=255) cgccgcCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGc < 2:3582987/150‑1 (MQ=255) cgccgcCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGc > 2:210944/1‑150 (MQ=255) cccACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCt > 1:4302262/1‑150 (MQ=255) aCGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTa > 1:1870328/1‑150 (MQ=255) cGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTAc < 1:921192/150‑1 (MQ=255) | TCAGCGACCTGGGGCTGGAACTGGTGGCCACCGAGCTGTCCGCTGCGGCGCTGAAGGAGCTGGACCTGCTGGTGGTCTGCGGCGGCTTGCGCACACCACTCAAGTACCCGGAACTCGATCGCCTGCTAAACGATTGCGCCGCCCACGGCATGGCCTTGGGCGGCTTGTGGAACGGCGCCTGGTTCCTTGGCCGTGCCGGGGTGCTGGACGACTACGGTTGCAGCATCCACCCCGAGCAACGTGCCAGCCTGTCGGAGCGCAGCCCGCAAACCCGCATCACCCCGGCCAGCTTTACCCT > NC_002947/3999507‑3999804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |