| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,070,658 | G→C | 7.8% | R124R (CGC→CGG) ‡ | mdtC ← | multidrug transporter membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,070,658 | 0 | G | C | 7.8% | 541.6 / 26.9 | 166 | R124R (CGC→CGG) ‡ | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/68); new base C (10/3); total (95/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TCCCCTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCG > NC_002947/4070509‑4070805 | tCCCCTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCAtgctg > 1:3020619/1‑150 (MQ=255) cccTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTgcg > 1:2534778/1‑150 (MQ=255) cccccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGc < 2:880539/150‑1 (MQ=255) cccccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGc < 2:3882980/150‑1 (MQ=255) ccccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGcc > 2:620145/1‑150 (MQ=255) cGACACCTGAGCCAGGCTCTGCGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACt > 2:1442968/1‑150 (MQ=255) gACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTg < 2:2436586/150‑1 (MQ=255) cacCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGCTCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTggg < 2:1221992/150‑1 (MQ=255) acCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgc < 2:4655363/150‑1 (MQ=255) acCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgc < 1:5021619/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgca < 2:1099680/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgca < 2:2931431/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcag > 1:530402/1‑150 (MQ=255) cTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcag > 1:1865256/1‑150 (MQ=255) tGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcagc > 1:3630100/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGt > 1:3057555/1‑150 (MQ=255) ggCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGc > 1:523292/1‑150 (MQ=255) ctctGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCgg < 1:1941159/150‑1 (MQ=255) 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ccagtggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGaa > 2:5394973/6‑103 (MQ=255) cagtggCATGCGCAGCATGCCGCTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgt > 1:841608/5‑150 (MQ=255) cagtggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgt > 2:4604100/5‑150 (MQ=255) agtggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtg > 2:3873025/4‑150 (MQ=255) tggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt > 1:2591005/2‑150 (MQ=255) gggCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt < 2:4645289/150‑1 (MQ=255) gggCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt < 2:530402/150‑1 (MQ=255) gCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCCGCTGGTGAGCGTGGTGa > 2:4471013/1‑150 (MQ=255) cATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGAc > 1:4426703/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGc < 1:317699/150‑1 (MQ=255) ctgcGCATGCCACTGGGCAACAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCg > 1:1564938/1‑150 (MQ=255) | TCCCCTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCG > NC_002947/4070509‑4070805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |