| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,070,659 | C→A | 7.6% | R124L (CGC→CTC) ‡ | mdtC ← | multidrug transporter membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,070,659 | 0 | C | A | 7.6% | 543.0 / 23.1 | 166 | R124L (CGC→CTC) ‡ | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/68); new base A (10/3); total (95/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CCCTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCG > NC_002947/4070511‑4070805 | cccTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTgcg > 1:2534778/1‑150 (MQ=255) caaCCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCa > 1:3355740/3‑150 (MQ=255) cTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCa < 1:3615156/150‑1 (MQ=255) cccccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGc < 2:880539/150‑1 (MQ=255) ccccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGcc > 2:620145/1‑150 (MQ=255) ccGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCAc > 1:4312807/1‑150 (MQ=255) cGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACt < 2:1167563/150‑1 (MQ=255) cGACACCTGAGCCAGGCTCTGCGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACt > 2:1442968/1‑150 (MQ=255) 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ccTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgca < 2:1099680/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgca < 2:2931431/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcag > 2:5224856/1‑150 (MQ=255) cTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcag > 1:1865256/1‑150 (MQ=255) tGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGgcagc > 1:3630100/1‑150 (MQ=255) 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cagtggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgt > 2:4604100/5‑150 (MQ=255) agtggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtg > 2:3873025/4‑150 (MQ=255) tggCATGCGCAGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt > 1:2591005/2‑150 (MQ=255) gggCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt < 2:4645289/150‑1 (MQ=255) gggCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCgtggt < 2:1865256/150‑1 (MQ=255) 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cATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGAc > 1:4426703/1‑150 (MQ=255) ctgcGCATGCCACTGGGCAACAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCg > 1:1564938/1‑150 (MQ=255) | CCCTACCCCCGACACCTGAGCCAGGCTCTGTGAAAGGATGGTGTCGGCCAGGTCATACAGCTGGCCTTTCTGCAACACATCCGAAGTCAGCGACAGCACCATGATCGGCGCCTGCGACGGGTTGATCTTCTTGTAGGTGGGCATGCTGCGCATGCCACTGGGCAGCAGGTTGCGGGTAGCGTTGATCGCCGCTTGAACCTCACGGGCTGCGCCATCGATGTCACGGCCCAACTCGAAGCCGATGACTACCCGTGTCGAACCCTGGTTGGAGCTGCTGGTGAGCGTGGTGACGCCG > NC_002947/4070511‑4070805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |