Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,161,034 | G→C | 5.4% | intergenic (+16/‑193) | PP_3661 → / → PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,161,034 | 0 | G | C | 5.4% | 557.6 / 16.0 | 166 | intergenic (+16/‑193) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/118); new base C (3/6); total (42/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GGGCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGG > NC_002947/4160886‑4161183 | gggCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGC < 2:1666282‑M1/150‑1 (MQ=255) ggCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCT < 2:4486297‑M1/150‑1 (MQ=255) cATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGC < 2:3982822‑M1/150‑1 (MQ=255) ggAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCggggggggg > 2:2361747/1‑143 (MQ=255) ggAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCgggggcgtg > 1:4346380/1‑143 (MQ=255) gagaCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCG < 1:3041798‑M1/150‑1 (MQ=255) agaCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCCACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC < 2:5267999‑M1/150‑1 (MQ=255) agaCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC < 1:2237450‑M1/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCTGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG < 2:4680320‑M1/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG < 2:475034‑M1/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG < 2:1878799‑M1/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG > 1:2100004‑M1/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCGGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑G > 2:568044‑M1/1‑147 (MQ=255) ccGCTTCAGCCAGATTCACCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGT > 1:4043238‑M1/1‑150 (MQ=255) gCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaa > 1:1252142/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaa < 1:4485207/150‑1 (MQ=255) aGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCg < 2:1252142/150‑1 (MQ=255) aGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG > 2:2049937‑M1/1‑141 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 2:1463076/150‑1 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgc < 1:4696989‑M1/150‑9 (MQ=255) gCCAGAGTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 2:3833255/150‑1 (MQ=255) ccAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GG > 1:2209229‑M1/1‑139 (MQ=255) cAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 1:1768377/150‑1 (MQ=255) aGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGGTGGTTGGG‑GGGTttaaccgctcc > 2:3748392‑M1/1‑139 (MQ=255) aTTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 1:2956682/150‑1 (MQ=255) ttCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGGGTCGCGGGGTAAAccccgcccac > 1:1745915/1‑143 (MQ=255) gCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAgg > 2:193620/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggt < 2:2984688/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg < 2:4834379/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg < 1:60559/150‑1 (MQ=255) tGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGtgc < 1:1618591/150‑1 (MQ=255) gggCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGtgct < 1:5121555/150‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGcc < 1:3946255/150‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGcc < 1:4251492/150‑1 (MQ=255) aCGGGCGCTTGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTTTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGTTTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTATACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCt < 2:1552180/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTg < 1:698137/150‑1 (MQ=255) gggCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttc > 2:1503225‑M1/1‑118 (MQ=255) gggCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGATGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGa < 1:2964658/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa < 2:1416775/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGATGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa < 2:370871/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcag < 2:3631208‑M1/150‑35 (MQ=255) cTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCgg < 1:2555603/100‑1 (MQ=255) tGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC > 2:773999‑M1/1‑108 (MQ=255) tGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC < 1:773999‑M1/108‑1 (MQ=255) ccACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCaa < 2:62603/150‑1 (MQ=255) cACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGCTGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcac > 1:2844539‑M1/1‑108 (MQ=255) aCCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGCTGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacc < 2:2844539‑M1/150‑44 (MQ=255) ggTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgatcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccac < 2:2100004‑M1/150‑47 (MQ=255) ggTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 2:3173127/150‑1 (MQ=255) ggTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 2:438960/150‑1 (MQ=255) ggTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 1:3205712/150‑1 (MQ=255) ggTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 1:4522838/150‑1 (MQ=255) gTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGcccc < 1:5240640/150‑1 (MQ=255) gTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGAGTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGcccc < 1:4640194/150‑1 (MQ=255) tGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacct < 1:42111‑M1/150‑49 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgta < 2:674856‑M1/150‑52 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTa < 1:2836320/150‑1 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgta < 1:1067169‑M1/150‑52 (MQ=255) aTCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCAATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtag < 2:2723033‑M1/150‑53 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTTGAGACCGAGCTGCCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtagga < 1:3604854‑M1/150‑55 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtagga < 1:193620‑M1/150‑55 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtagga < 1:539158‑M1/150‑55 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg > 1:2353181/1‑116 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggtgg < 2:2353181/116‑1 (MQ=255) ccTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATGACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGa < 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aaCCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg < 2:4068543/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGGGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGTCTGGAGACCGTGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCggg < 1:2475191/150‑1 (MQ=255) gtgGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCa > 1:323867‑M2/1‑149 (MQ=255) tgGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTa < 2:509533/137‑1 (MQ=255) tgGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTa > 1:509533/1‑137 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTgaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggtttaccc < 1:118517‑M1/150‑67 (MQ=255) tGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTaaacccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtagg > 2:3620719‑M1/1‑82 (MQ=255) ttGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTGAacccgctcc > 2:2868123‑M2/1‑141 (MQ=255) ttGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:1189408‑M2/1‑141 (MQ=255) gCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGccc < 2:544439/111‑1 (MQ=255) cGATGACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGtc < 2:1112161/150‑1 (MQ=255) gATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGC‑GGGTAAACCCCCTCCAACAGGTGGGTGCTGCCCAGAAGACGGCAAGGCCCCAGTAGGTGCGGGTTCAACCGCCAAGCAGGCAGCGCGGtgt > 2:379287/1‑148 (MQ=255) ttACCCTGGGGGTGCAGACGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCAC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCa < 1:2361747/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCgg < 1:918666/115‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGGTAACCCGCTCCTACACGTGGGTGCGGCCCGGAAGAAGGGCAGGCCCCGGTAGGATCGGGGTCAACCCCGCAGCAGGCAGCGCGGTCTCAAGGt > 2:5212635/1‑150 (MQ=255) ggggTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt < 2:4560141/150‑1 (MQ=255) ggggTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt < 1:3094478/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGACGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTca < 2:5032541/150‑1 (MQ=255) gTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTcac < 2:4204793/150‑1 (MQ=255) tGCAGACGGTGTGGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGG‑GGGTAAACCCGCTCCTACTGGTGGGTGCGGCCCTGAAGCCGGAAAGGCCCCTGTCGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTcaca < 1:560596/150‑1 (MQ=255) atgCTGTTGGGCTGACTGGCGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGCCGGCACGGCCCCTTTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGG‑TTTTCACAGccccc < 1:55398/148‑1 (MQ=38) aaGGTGTTGGGCTGCCTGGAGCCCGAGTCGGCTGCTTCGG‑GGTTAAACCCGCTCCTACCGGTGGGTGCGGCCCTGAAGACGGCCAGGCCCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGcccc < 1:1086384/150‑1 (MQ=255) cTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGTTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCg < 1:3677821/150‑1 (MQ=255) tGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGt < 2:4183850/150‑1 (MQ=255) gACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTc < 2:4346380/150‑1 (MQ=255) 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GGGCATGGAGACCCGCTTCAGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGG > NC_002947/4160886‑4161183 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |