| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,242,202 | C→T | 5.2% | P18P (CCG→CCA) | PP_3717 ← | LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,242,202 | 0 | C | T | 5.2% | 482.6 / 10.1 | 153 | P18P (CCG→CCA) | PP_3717 | LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/63); new base T (5/3); total (87/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CCAACTGGCCGATGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGT > NC_002947/4242057‑4242350 | ccAACTGGCCGATGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCa < 2:211217/150‑1 (MQ=255) tgtGGCCGCTGCCATCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTc > 2:4789879/3‑150 (MQ=255) gtGGCCGCTGCCATCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCt > 1:1001778/2‑150 (MQ=255) 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tGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGGGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGcc > 2:1835317/1‑150 (MQ=255) gCGGCCACCTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCACGGGCCAGGGCGCGCAGCAACGCCACGGGCCACTGCTGCAGCGCGCCCAATGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGCa < 2:2154991/150‑1 (MQ=255) cGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCAc < 1:5155612/150‑1 (MQ=255) caTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCAGGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCcgc < 1:3380015/150‑1 (MQ=255) aTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCcgcg > 1:3703185/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCTCGGGGGTTTCCCCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCAGGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGcaca < 2:3629965/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGcaca > 2:3118419/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGc > 1:3216024/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGc > 2:728732/1‑150 (MQ=255) gcgcCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGccc > 2:1160113/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCAt > 2:4337992/1‑150 (MQ=255) cATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCg > 1:2047848/1‑150 (MQ=255) cATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCg > 2:3040739/1‑150 (MQ=255) cATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCGTTGCGCCAGGTTCATCg > 1:1109531/1‑150 (MQ=255) gggCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGcc < 1:568488/150‑1 (MQ=255) 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CCAACTGGCCGATGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGT > NC_002947/4242057‑4242350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |