Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,291,398 | T→A | 5.4% | H1052L (CAC→CTC) | PP_3761 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,291,398 | 0 | T | A | 5.4% | 571.9 / 14.9 | 167 | H1052L (CAC→CTC) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/74); new base A (6/3); total (90/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCTTGTGCAGG > NC_002947/4291249‑4291547 | cgGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTtgtn < 1:1406144/150‑2 (MQ=255) ttGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTc < 2:1382359/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTcc < 2:5017773/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCa < 1:4130079/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCa < 1:278432/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCa < 2:1510172/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAg < 1:3987604/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAg > 1:3261212/1‑150 (MQ=255) 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gatGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAggg > 1:537194/3‑149 (MQ=255) ccTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGa > 1:1749960/1‑150 (MQ=255) ccTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGa > 2:1025812/1‑150 (MQ=255) ccTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGa > 2:841427/1‑150 (MQ=255) cTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGat < 2:4587675/150‑1 (MQ=255) 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< 1:754960/112‑1 (MQ=255) gcCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAacac > 2:754960/1‑112 (MQ=255) gTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGAcgttc < 2:3261212/150‑1 (MQ=255) gCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGAcgttcgtt < 2:710350/150‑1 (MQ=255) ggCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTgg > 1:4787105/1‑150 (MQ=255) gCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGa < 2:521213/150‑1 (MQ=255) gCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGa > 1:4880914/1‑150 (MQ=255) aTTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCTCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGc < 2:4045310/150‑1 (MQ=255) ttCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTg > 1:1517774/1‑150 (MQ=255) tCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGc > 1:3571356/1‑150 (MQ=255) gACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTGCGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGa > 2:3375413/1‑150 (MQ=255) gACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGa < 1:679518/150‑1 (MQ=255) aCAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGAt < 2:5336283/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGa < 1:1025812/150‑1 (MQ=255) cagcgcCCTGGAGCACAAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGa < 2:1972946/134‑1 (MQ=255) cagcgcCCTGGAGCACAAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGa > 2:5444347/3‑150 (MQ=255) cagcgcCCTGGAGCACAAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGa > 1:4911894/3‑150 (MQ=255) ggCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGAc > 2:2401342/1‑150 (MQ=255) gcgcCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGAcc > 1:4481695/1‑150 (MQ=255) cgcCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCt > 2:2188726/1‑150 (MQ=255) gcCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCtt > 1:1734697/1‑150 (MQ=255) gcCCTGGAGCACAAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACa < 1:1026670/134‑1 (MQ=255) ttGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCTTGTGc < 2:3849842/150‑1 (MQ=255) gtgCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCTTGTGCAg < 1:5028914/150‑1 (MQ=255) | GCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATGGCTTCGCGCCCGTTGCGGCCGATTTCGACAATGGCGCCCTTGTGCTCCAGGGCGCTGGTCAGGGCAAAGATATTACGCACATCGTCGTCCACCAGCAGCACCTTGCGGCCCTCGAACACCTTGTCGCGGCTGCGCGCGGTCTTGAGCATGCGTTGACGTTCGTTGGACAGCTGCGATTCGACCTTGTGCAGG > NC_002947/4291249‑4291547 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |