Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,342,041 | A→T | 30.6% | intergenic (+60/‑271) | ribAB‑II → / → PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,342,041 | 0 | A | T | 30.6% | 162.4 / 79.1 | 103 | intergenic (+60/‑271) | ribAB‑II/PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/33); new base T (16/13); total (56/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTGGGGCCGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGT > NC_002947/4341892‑4342186 | cTGGGGCCGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGTGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑a < 1:4213205/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCCTCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑a < 1:3232202/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑a < 2:4759039/150‑1 (MQ=255) 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ccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGACCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑TC‑GGTggtgt < 1:2242/150‑5 (MQ=255) cTGAAATACGCGGGGCTGGCGGTCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGAcaccac < 1:2368199/150‑1 (MQ=255) cTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGAcaccac < 1:4758384/150‑1 (MQ=255) aaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGAc < 1:4146922/150‑1 (MQ=255) aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑Ag > 1:462348/1‑134 (MQ=255) 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ggCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTcgc‑g < 1:1376718/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCACTTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑gg < 2:4358302/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑gg < 1:3536475/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑gg < 1:3536372/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑gg < 2:4099128/150‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 1:4149317/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 1:4456445/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 2:2844371/1‑150 (MQ=255) cgcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAcc > 2:726084/1‑150 (MQ=25) gcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCtt < 2:3336701/119‑1 (MQ=18) gcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCtt > 1:3336702/1‑119 (MQ=18) gcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTa > 1:4972035/1‑145 (MQ=25) gcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTa < 2:4972035/145‑1 (MQ=25) gcgAATGCG‑‑TC‑GGTGGTGTCACCCTCGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 1:540276/1‑150 (MQ=25) gcgAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCTGTAGACCt > 2:4688124/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 2:3784634/1‑150 (MQ=255) gcgAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCt > 2:5345712/1‑150 (MQ=255) gAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTg > 2:4633580/1‑150 (MQ=255) gAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTg > 2:5416776/1‑150 (MQ=255) tGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGt < 2:4149317/150‑1 (MQ=255) g‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTg > 2:438965/1‑112 (MQ=255) g‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTg < 1:438965/112‑1 (MQ=255) | CTGGGGCCGCCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCG‑‑AG‑GGTGACACCACCGACGCATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGT > NC_002947/4341892‑4342186 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |