Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 4,381,115 | C→G | 5.1% | L117V (CTG→GTG) ‡ E64Q (GAG→CAG) |
PP_5639 → PP_3855 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,381,115 | 0 | C | G | 5.1% | 521.5 / 13.4 | 156 | L117V (CTG→GTG) ‡ E64Q (GAG→CAG) | PP_5639 PP_3855 | hypothetical protein hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/55); new base G (4/4); total (97/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGTTTTCGA > NC_002947/4380971‑4381264 | ccATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCg > 2:1791949/1‑150 (MQ=255) ccAAACGAGAATCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGATGCAGACACAAGTGTTCTGCCCTACACAAGCTAACAGCAATACACGCTAGGCAAGATGGTGATACAAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGCCGCAGGCTCTGCCg > 2:1203099/1‑150 (MQ=255) aTACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGa < 1:4350467/150‑1 (MQ=255) tACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAg > 2:3231213/1‑150 (MQ=255) tACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAg > 2:2839154/1‑150 (MQ=255) aCGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGc > 1:1509658/1‑150 (MQ=255) agaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACTCAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCtt < 1:606818/150‑1 (MQ=255) agaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCtt > 2:195675/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTg > 2:2484532/1‑150 (MQ=255) gCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCt < 2:5349387/150‑1 (MQ=255) tGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTc > 2:1988825/1‑150 (MQ=255) tGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTc > 1:3549669/1‑150 (MQ=255) gACACAATTGTTCTGCCCTACACCTGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCa < 1:3122256/150‑1 (MQ=255) 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cTACACGTGCTATCAGCAATACTAGCTAGGCAATATGGTGATACCTAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCGGGCGCTGGCTCTGCGGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTTGCGCTGTAATCGTTCAGTACCTGGTCGGTTAAt < 2:2702224/150‑1 (MQ=255) cTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAAt > 2:1633131/1‑150 (MQ=255) cTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCAGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAAt > 2:1468659/1‑150 (MQ=255) acacCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCaa > 1:3796806/1‑101 (MQ=255) acacCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCaa < 2:2652938/101‑1 (MQ=255) acacCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCtt < 1:216703/129‑1 (MQ=255) 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aaGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTa > 1:1168285/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGTAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAg > 2:3746521/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAg > 1:3979541/1‑150 (MQ=255) gCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGcccc < 1:5154133/150‑1 (MQ=255) ccGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCcct > 1:629268/1‑150 (MQ=255) cGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCcctc > 2:3356359/1‑150 (MQ=255) gCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGACCTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCcctcc > 2:1410358/1‑150 (MQ=255) aTGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCtgtg < 1:1043784/150‑1 (MQ=255) gCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTgga > 1:2687392/1‑150 (MQ=255) cgaaGGCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCGGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagc > 1:271211/4‑150 (MQ=255) cTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagc < 1:1791949/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagc < 1:1919545/150‑1 (MQ=255) tCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcg > 2:1226556/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcgg > 2:3458991/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcgga > 2:5404806/1‑150 (MQ=255) ggCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGACCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcggag < 2:2224963/150‑1 (MQ=255) gCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcggagc > 1:4904603/1‑150 (MQ=255) gCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcggagc > 2:1973013/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCtg < 2:1527559/150‑1 (MQ=255) cgcAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCtgtt < 1:195675/150‑1 (MQ=255) ggCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGttt > 2:4831217/1‑150 (MQ=255) gCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGtttt > 2:2059765/1‑150 (MQ=255) gCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGtgtt > 2:4797138/1‑150 (MQ=255) ctctGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTCGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGTTTTc < 2:5376525/150‑1 (MQ=255) ctctGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGTTTTc > 1:1745010/1‑150 (MQ=255) ctctGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGTTTTc < 1:1208950/150‑1 (MQ=255) | CCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTTGTTTTCGA > NC_002947/4380971‑4381264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |