| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,582,569 | T→A | 6.0% | K942M (AAG→ATG) ‡ | treSB ← | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,582,569 | 0 | T | A | 6.0% | 493.7 / 14.3 | 151 | K942M (AAG→ATG) ‡ | treSB | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/79); new base A (5/4); total (68/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AGGGCTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGCACACCAG > NC_002947/4582424‑4582718 | aGGGCTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCtgcttgct > 2:2021630/1‑150 (MQ=255) ggCTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCa < 2:1232678/150‑1 (MQ=255) cTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAgg < 2:1338219/150‑1 (MQ=255) cTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAgg < 1:500941/150‑1 (MQ=255) tgtgTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAggg > 1:480257/1‑150 (MQ=255) tgtgTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCAAGCAGGCTCAggg < 2:663018/150‑1 (MQ=255) gtTTTGCCCGGCTCTCTTCAAGGGGACGTGCGGGTTCTCATTCAAAATCTATTAGGTATGCATCACCCTGCACCAAGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGTCCACCCTGAGCCTGATTGCTCAGGgtgt < 2:2434106/150‑1 (MQ=255) ttttGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTc < 1:3987172/150‑1 (MQ=255) ttttGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTc < 1:4055206/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGa < 1:1163256/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGa > 1:3156819/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGACACCCTGAGCAAGCAGGCTCAGGgtggcct < 2:5313207/150‑5 (MQ=255) gCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGAtg > 1:3194715/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGgtggcctgct > 1:2942132/1‑143 (MQ=255) gcgcTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTg < 1:960603/150‑1 (MQ=255) gcgcTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTg > 2:5260740/1‑150 (MQ=255) cgcTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTgg < 1:2163423/150‑1 (MQ=255) gcTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTggg > 2:2703492/1‑150 (MQ=255) ctctTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGc < 2:4566312/150‑1 (MQ=255) ctctTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGc < 2:4711822/150‑1 (MQ=255) tctTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTgg > 2:3696455/1‑147 (MQ=255) ttCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAgg < 2:2922826/130‑1 (MQ=255) ttCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAgg > 1:2922826/1‑130 (MQ=255) ttCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAg < 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cgggTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGtt < 2:4644203/150‑1 (MQ=255) cTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGgt > 1:1867051/1‑150 (MQ=255) cTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGAATAACCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGgt > 1:3439036/1‑150 (MQ=255) ttCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGt < 1:2162310/139‑1 (MQ=255) ttCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGgtc > 1:796427/1‑150 (MQ=255) 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tgtACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCg < 2:5314063/150‑1 (MQ=255) gtACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGt > 2:1382313/1‑150 (MQ=255) acacGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTgg < 2:1850317/150‑1 (MQ=255) acacGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTgg < 2:3156811/150‑1 (MQ=255) gCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGtca < 2:2970749/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCa > 2:1306826/1‑70 (MQ=255) 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aCCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGAt > 1:4822604/1‑150 (MQ=255) cccTGAGCAAGCAGGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCGGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGGGGGTCAGTGCAGTGCTGATc > 2:3970648/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGa > 2:2696829/1‑147 (MQ=255) ccTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGa < 1:2696829/147‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGc < 1:3554945/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGca < 2:3477411/150‑1 (MQ=255) ccTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGcac > 1:1194353/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGAGCTGATCTGTGcac > 1:5115755/1‑150 (MQ=255) gcttgctCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGCACAcc > 2:3781810/1‑150 (MQ=255) cttgctCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGCACACCa < 2:3958429/150‑1 (MQ=255) cttgctCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGCACACCa < 2:1129097/150‑1 (MQ=255) | AGGGCTGTGTTTTGCCCGGCGCTCTTCAAGGGGCCGGGCGGGTTCACCTTCAAAATCGATGAGGTAGGCATCACCCTGCACCACGAGCACCTGGCCCAGGTGCAGGTCGCCGTGTACACGCATAAGCAGGCCACCCTGAGCCTGCTTGCTCAGGGTGTCGATGTGCTGGGCCAGGCCGTCACGCTGTTGCTGCAGGTCGTCGACCAAGGACTGGCTATCGCTGTCCAGTGTGTCGCGATGCTGGGCCAGCAGGTCGAGGGCGTGGGTCAGTTCAGTGCTGATCTGTGCACACCAG > NC_002947/4582424‑4582718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |