| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,595,831 | G→C | 6.4% | intergenic (+169/+130) | mccA → / ← PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,595,831 | 0 | G | C | 6.4% | 536.2 / 2.6 | 187 | intergenic (+169/+130) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/79); new base C (12/3); total (103/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCC > NC_002947/4595683‑4595980 | gCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGa > 2:2337368/1‑150 (MQ=255) cTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACATACGAGCgggg > 1:172385/1‑150 (MQ=255) cTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGGAAAACCCCGCCGACAACCGATCgggg > 1:1036741/1‑150 (MQ=21) 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ttaCCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTc > 1:721595/3‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGGAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCa < 2:4037162/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCa > 2:1531989/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagca < 1:4084932‑M2/128‑72 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagca > 2:4084932‑M2/1‑57 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaa > 2:1199010/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaa > 1:2689981/1‑150 (MQ=255) ggCTCCTACATGCGTTGGGGGGTGGACTCATGTTGGTGTTTAGGCGGAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaaa < 1:4672394/149‑1 (MQ=21) cGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACAAATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaaa < 1:1918410/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAg < 2:1020558/150‑1 (MQ=255) tCCTACATCCGATCGGGGGTGTACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttaccctcgaatactgtagaggcggcaacggtgagcgacgtgtatagattggccagcaggcacggcccattcgcgggtaaacccg < 2:2837784‑M2/150‑99 (MQ=255) ccTACATGCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGccc < 1:1505884/150‑1 (MQ=255) cTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGcccc > 1:1519426/1‑150 (MQ=255) tACATCCGATCGGGGGTTTACTCATGTTGGTGATTAGGCGCATTCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCa < 1:370754/150‑1 (MQ=25) cATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATg > 1:4747206/1‑150 (MQ=255) tCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCa > 1:2071899/1‑150 (MQ=255) ccGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAc < 2:4428100/150‑1 (MQ=255) ccGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAc < 2:172385/150‑1 (MQ=255) cGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAcc < 1:644055/150‑1 (MQ=255) gATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAccc < 1:3913685/150‑1 (MQ=255) | GCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCC > NC_002947/4595683‑4595980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |