| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,595,848 | T→A | 9.2% | intergenic (+186/+113) | mccA → / ← PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,595,848 | 0 | T | A | 9.2% | 462.4 / 6.0 | 177 | intergenic (+186/+113) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/75); new base A (14/6); total (95/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCCGCACGACCACCCCAAG > NC_002947/4595701‑4595996 | aGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACATCCGCTCGGGGGTGGACACAAGtt > 2:3421563/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTg < 1:2945966/150‑1 (MQ=255) ccgccCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGt < 2:2015320/150‑1 (MQ=255) ccccTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGAt < 1:2440765/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTTCATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTa < 2:3682856/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTa < 2:408092/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAACCCCGACTACATCCCCGCGGGGGTGGACACAAGTTGGTGATTa > 2:2757313/1‑150 (MQ=18) cTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAg < 2:254683/150‑1 (MQ=255) cTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAg > 2:1058409/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCGCCGACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAg > 2:1058384/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAgg > 2:2448409/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCCCGGGGAAACCCGCACCGCCAGCCCAGCGGGGGGGGCCCCAAGGTGGGGAGTAgg > 2:129246/1‑150 (MQ=14) aaCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGgcgc > 2:1670387/1‑150 (MQ=255) aaCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAAACTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAACCGCACCTACAGCCGAGCGGGGGTGGACACAAGTTGGTGATTAGgcgc > 2:1670560/1‑150 (MQ=18) aGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGGTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAgg < 1:1018790/150‑1 (MQ=255) gCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACATCCGAGCGGGGGGGGCCGCATGTTGGGGATTTGGCGCCGGc > 2:4678378/1‑150 (MQ=17) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgc < 1:4819486/150‑1 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgcg > 2:4506694/1‑150 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGt > 2:773741‑M2/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGt > 2:4581434‑M2/1‑149 (MQ=255) ggAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgt > 1:351702‑M2/1‑147 (MQ=255) aGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtag > 2:552577‑M2/1‑145 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAACCGCGCCGACATCCCATCGGGGGTGGTCACAAGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCCCGtgtagg < 1:3904969‑M2/150‑7 (MQ=255) 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aaCCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCa < 2:4037135/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCa > 2:1531989/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagca > 2:4084932‑M2/1‑57 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagca < 1:4084932‑M2/128‑72 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaa > 2:1199010/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaa > 2:1199340/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaa > 1:2689981/1‑150 (MQ=255) ggCTCCTACATGCGTTGGGGGGTGGACTCATGTTGGTGTTTAGGCGGAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaaa < 1:4672394/149‑1 (MQ=21) cGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACAAATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCaaaaa < 1:1918410/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAg < 2:1020558/150‑1 (MQ=255) tCCTACATCCGATCGGGGGTGTACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGtgtaggagcgggtttaccctcgaatactgtagaggcggcaacggtgagcgacgtgtatagattggccagcaggcacggcccattcgcgggtaaacccg < 2:2837784‑M2/150‑99 (MQ=255) ccTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGccc < 1:112903/150‑1 (MQ=255) cTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGcccc > 1:1519426/1‑150 (MQ=255) cTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGcccc > 1:1529490/1‑150 (MQ=255) tACATCCGATCGGGGGTTTACTCATGTTGGTGATTAGGCGCATTCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCa < 1:370754/150‑1 (MQ=25) tACATCCGATCGGGGGTGTACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCa < 1:918954/150‑1 (MQ=255) aCATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCAt > 1:4062307/1‑150 (MQ=255) cATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATg > 1:4747206/1‑150 (MQ=255) tCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCa > 1:2071899/1‑150 (MQ=255) ccGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAc < 2:172385/150‑1 (MQ=255) cGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCAcc > 1:3125168/1‑150 (MQ=255) ggTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCCGCACGac < 2:5193862/150‑1 (MQ=255) gACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCCGCACGaccacc > 2:1504494/1‑150 (MQ=255) acacATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCCGCACGACCAccc > 2:1577343/1‑150 (MQ=255) acaTGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGc < 1:2037731/125‑1 (MQ=255) | AAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACTCAAACCCTTTCAAAAAGCCCCATGCACCCGCACGACCACCCCAAG > NC_002947/4595701‑4595996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |