| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,702,748 | A→G | 8.4% | intergenic (‑93/+57) | kdpD ← / ← kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,702,748 | 0 | A | G | 8.4% | 468.7 / 21.8 | 154 | intergenic (‑93/+57) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/60); new base G (4/9); total (85/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTC > NC_002947/4702599‑4702897 | ccggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGca < 2:3143736/150‑1 (MQ=255) cggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcac > 2:5175318/1‑150 (MQ=255) ggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcacc > 1:843605/1‑150 (MQ=255) 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2:2811206/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATg > 2:3884972/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATg > 2:4472600/1‑150 (MQ=255) aTACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGa < 1:404500/150‑1 (MQ=255) tACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAg > 2:1380533/1‑150 (MQ=255) tACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAg < 2:1510755/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGt > 2:2006664/1‑150 (MQ=255) gTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGt > 2:715601/1‑150 (MQ=255) tCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTg < 2:3012905/150‑1 (MQ=255) gCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGt > 1:2239949/1‑150 (MQ=255) gCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGt < 2:829424/150‑1 (MQ=255) caccaccacCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGtt > 1:2142890/1‑150 (MQ=255) caccaccacCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGtt < 1:1865781/150‑1 (MQ=255) accaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTc > 2:3486399/1‑150 (MQ=255) | CCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTC > NC_002947/4702599‑4702897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |