| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,702,758 | C→T | 7.6% | intergenic (‑103/+47) | kdpD ← / ← kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,702,758 | 0 | C | T | 7.6% | 522.3 / 21.6 | 170 | intergenic (‑103/+47) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/68); new base T (4/9); total (93/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGC > NC_002947/4702611‑4702906 | aGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgc < 2:5066579/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:425248/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg > 2:448147/1‑150 (MQ=255) 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caccaccacCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGtt < 1:1865781/150‑1 (MQ=255) accaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTc > 2:3486389/1‑150 (MQ=255) ccaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACCATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTcc < 2:3632999/150‑1 (MQ=255) caccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGAtt > 1:843890/1‑57 (MQ=255) caccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGAtt < 2:843890/57‑1 (MQ=255) caccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCa > 2:4632490/1‑150 (MQ=255) accaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAg > 2:4749198/1‑150 (MQ=255) caccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCt > 1:1183737/1‑141 (MQ=255) | TGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGC > NC_002947/4702611‑4702906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |