Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,735,398 | C→A | 5.3% | P735P (CCG→CCT) | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,735,398 | 0 | C | A | 5.3% | 602.4 / 15.1 | 180 | P735P (CCG→CCT) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/91); new base A (2/8); total (81/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GGACTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCG > NC_002947/4735253‑4735546 | ggACTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGcc < 2:4447553/150‑1 (MQ=255) gACTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGccc < 1:1033303/150‑1 (MQ=255) gACTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGccc > 1:5398210/1‑150 (MQ=255) cTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCt < 1:4821931/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTg > 1:1376279/1‑150 (MQ=255) tACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTg > 1:3884467/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACTGCTGCAGGTAACGCTCCTGACGCGCTGAGGAGTGCTCAGGCCCCTgac < 2:1872519/150‑3 (MQ=255) ccAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGcc > 1:1262850/1‑150 (MQ=255) 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gTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTc < 1:696062/150‑1 (MQ=255) aaCGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGc > 1:3539402/1‑150 (MQ=255) tCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAAc > 2:1994080/1‑150 (MQ=255) cAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTg > 1:1552298/1‑150 (MQ=255) cAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTg < 1:4223139/150‑1 (MQ=255) cAGACGCGCGGAGGACTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGACAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTg < 2:5398210/150‑1 (MQ=255) cgACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCAGAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTgg < 1:3754091/149‑1 (MQ=255) aggggccgGAGCACTCCTCCGCCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTggg > 2:4480612/7‑150 (MQ=255) cgGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTccc < 1:2699407/150‑1 (MQ=255) cgGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTccc < 1:2808173/150‑1 (MQ=255) cgGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTccc < 2:2079284/150‑1 (MQ=255) ggaggaGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCa < 2:3539402/150‑1 (MQ=255) gaatGCTCAGGACCCTGACCTTCATAGCCATGCGGCAGAAGGCAGACGAGACCAGACATTCTGAGCCACTTGCGTTCACCCGACGAAATGAACTGATCGAACACGACCTGCGCGCCGTTGGCGAAATCGCCGAACTGGGCTTCCCAGaga < 2:4497488/147‑3 (MQ=255) gTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCAc > 2:4985031/1‑150 (MQ=255) cTCAGGACCCTGACCTTCATAGCCATGCGGCAGAAGGCAGACGAGACCAGACATTCTGAGCCACTTGCGTTCACCCGACGAAATGAACTGATCGAACACGACCTGCGCGCCGTTGGCGAAATCGCCGAACTGGGCTTCCCAGa > 2:2914241/1‑143 (MQ=255) cTCAGGACCCTGACCTTCATAGCCATGCGGCAGAAGGCAGACGAGACCAGACATTCTGAGCCACTTGCGTTCACCCGACGAAATGAACTGATCGAACACGACCTGCGCGCCGTTGGCGAAATCGCCGAACTGGGCTTCCCAGa < 1:2914241/143‑1 (MQ=255) tCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAgc > 2:4010740/1‑150 (MQ=255) tCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAgc > 1:3880366/1‑150 (MQ=255) tCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAgc > 1:1861684/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtgat > 1:2192938/1‑81 (MQ=255) | GGACTACCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCG > NC_002947/4735253‑4735546 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |