Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,735,407 | C→A | 5.1% | G732G (GGG→GGT) | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,735,407 | 0 | C | A | 5.1% | 592.7 / 14.7 | 177 | G732G (GGG→GGT) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/88); new base A (2/7); total (82/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAT > NC_002947/4735259‑4735556 | ccAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGcc > 1:1262850/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGcc > 2:2767751/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGccc > 1:3712869/1‑150 (MQ=255) gCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCtt > 2:4929000/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCa < 1:383084/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCa < 1:3260750/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATa < 2:4103187/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGc < 1:102581/150‑1 (MQ=255) 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cTCAGGACCCTGACCTTCATAGCCATGCGGCAGAAGGCAGACGAGACCAGACATTCTGAGCCACTTGCGTTCACCCGACGAAATGAACTGATCGAACACGACCTGCGCGCCGTTGGCGAAATCGCCGAACTGGGCTTCCCAGa > 2:2914241/1‑143 (MQ=255) tCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTAAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAgc > 2:4662022/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAgcg > 1:1630088/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtgat < 2:2192938/81‑1 (MQ=255) gCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGt > 2:4749886/1‑150 (MQ=255) cccTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTc < 1:1187111/150‑1 (MQ=255) ccTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCg > 1:3282715/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCa > 1:5149945/1‑150 (MQ=255) cccTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAt < 2:3977075/150‑1 (MQ=255) | CCAGCGGCTTGCGCAGCGGGCGAATGACCTGGCGACGCAGCAGGTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAT > NC_002947/4735259‑4735556 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |