| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,735,451 | G→T | 5.3% | R718S (CGC→AGC) ‡ | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,735,451 | 0 | G | T | 5.3% | 571.2 / 15.1 | 170 | R718S (CGC→AGC) ‡ | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/79); new base T (2/7); total (84/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
GTGGTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGG > NC_002947/4735302‑4735600 | tggtAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAggcgg < 1:325479/150‑1 (MQ=255) ggtAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAggcggc > 2:5163537/1‑150 (MQ=255) ggtAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAggcggc < 1:3060002/150‑1 (MQ=255) 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caTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGaa < 2:3556003/150‑1 (MQ=255) aTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAg < 1:4902704/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGcc > 1:2311995/1‑137 (MQ=255) gTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGcc > 2:4731829/1‑150 (MQ=255) gTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTGCGGCAGGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGcc > 2:3984183/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |