Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,735,462 | T→C | 5.1% | H714R (CAC→CGC) | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,735,462 | 0 | T | C | 5.1% | 566.8 / 11.4 | 177 | H714R (CAC→CGC) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/82); new base C (2/7); total (87/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGGACAGGAACGAA > NC_002947/4735313‑4735611 | cgtcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACt < 2:5414065/150‑1 (MQ=255) gtcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg > 1:5154418/1‑150 (MQ=255) gtcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg > 2:160632/1‑150 (MQ=255) gtcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg < 2:2180283/150‑1 (MQ=255) gtcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg < 2:3884467/150‑1 (MQ=255) tcgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTgg > 1:3002418/1‑150 (MQ=255) cgGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGt < 1:5193078/150‑1 (MQ=255) ggTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtg > 2:1428109/1‑150 (MQ=255) 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gATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGAt > 2:1888992/1‑150 (MQ=255) tgttgtGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATca > 1:1621973/1‑150 (MQ=255) tgttgtGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATca < 2:2529786/150‑1 (MQ=255) gtgCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATcaccac > 1:3819988/1‑150 (MQ=255) tgCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACt > 1:3667384/1‑150 (MQ=255) 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gcggcCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTc < 1:108668/150‑1 (MQ=255) ggcCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGGATGGTGGTGGGGTAGCCGGAGTCGGTGGCGAGTACCGCTGCCTCgg > 2:5257252/1‑150 (MQ=255) gcCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtgg < 1:4635769/107‑1 (MQ=255) ccccACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGGAc < 1:2864080/150‑1 (MQ=255) cccACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCAcc < 2:4064199/89‑1 (MQ=255) cccACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCAcc > 1:4064199/1‑89 (MQ=255) 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tgCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGGACAGGAACGaa < 2:3801463/150‑1 (MQ=255) | GTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGGACAGGAACGAA > NC_002947/4735313‑4735611 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |