Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 284,587 | T→A | 13.9% | intergenic (+33/+30) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 284,587 | 0 | T | A | 13.9% | 298.8 / 37.0 | 128 | intergenic (+33/+30) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/36); new base A (9/9); total (82/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284438‑284736 | cACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCt > 1:4928603/1‑150 (MQ=255) aCCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCtt > 2:4590402/1‑150 (MQ=255) aCCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCtt < 2:2952951/150‑1 (MQ=255) 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aaatcaACCACATCCTCGACCACTACCAGCGGCAAATCCAGTACCTCCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGCGCTTGCCCCCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCCCTAGAAACCTGCATCCCCAAGGATgg < 2:200545/148‑1 (MQ=255) catcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGt > 1:4462142/1‑150 (MQ=255) atcaACGACATCCTCGACCCGTACGCGCGGCACAGGCAGTCCCTGCACCGGGGCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTc < 1:3992050/150‑1 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCg > 2:1659718/1‑150 (MQ=255) caACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCC‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGc > 1:3298527/1‑150 (MQ=255) caACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGc < 2:1307525/150‑1 (MQ=255) cATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGACGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTg > 1:4282876/1‑150 (MQ=255) cATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCgggg > 1:4282557/1‑148 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCAt > 2:187054/1‑150 (MQ=255) cTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAaga < 1:121469/93‑1 (MQ=255) cTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATc > 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tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 1:983025/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 1:1869294/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 2:615791/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCACCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 2:5381274/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTc > 2:4911987/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCAGGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGt > 2:1615197/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTcc < 1:3371431/136‑1 (MQ=255) gggggCTGGCCCGCGATGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCAtt < 1:2741469/148‑1 (MQ=255) gcgGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg > 2:2685020/1‑117 (MQ=255) gcgGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg < 1:2685020/117‑1 (MQ=255) cgGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCACGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATtc < 2:3388689/150‑1 (MQ=255) gggCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATtct > 1:1001861/1‑150 (MQ=255) cTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCt > 2:4185197/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTg > 2:5140920/1‑150 (MQ=255) | CACCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCTG > NC_002947/284438‑284736 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |