| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 295,247 | G→A | 5.3% | G217E (GGG→GAG) | ssuB → | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 295,247 | 0 | G | A | 5.3% | 588.7 / 14.0 | 187 | G217E (GGG→GAG) | ssuB | aliphatic sulfonates ABC transporter ATP‑binding protein SsuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/80); new base A (7/3); total (104/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACGCAACTG > NC_002947/295102‑295395 | gATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTc < 2:107288/150‑1 (MQ=255) aTGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCg < 1:5373221/150‑1 (MQ=255) cGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGAcc < 2:4967921/150‑1 (MQ=255) gTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCt > 1:3112455/1‑150 (MQ=255) ttGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTc > 2:5275298/1‑150 (MQ=255) ttGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGACGGGCGCGAccga > 1:2960169/1‑148 (MQ=255) aCCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACt < 1:56172/150‑1 (MQ=255) aCCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACAGTGAGGTCGAGCCCGACCTcgcc < 2:719242/150‑4 (MQ=255) ccGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGt > 2:3079894/1‑150 (MQ=255) cGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCt > 2:1348765/1‑150 (MQ=255) cGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCt > 2:1570618/1‑150 (MQ=255) cGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCt < 1:2788842/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTg > 1:1055260/1‑150 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTg > 1:717317/1‑150 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTg < 1:1868640/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTg < 2:1612481/150‑1 (MQ=255) gagaTGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTAGACCTCACTGTTGACCTg < 1:3151009/150‑1 (MQ=255) gcaACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGcc > 1:523818/1‑150 (MQ=255) 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aaCGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTg > 1:232305/1‑150 (MQ=255) cTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCg < 2:2619586/150‑1 (MQ=255) cTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCg > 1:977649/1‑150 (MQ=255) cTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCg > 1:5062794/1‑150 (MQ=255) tgtgGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGc > 1:4873414/1‑150 (MQ=255) tgGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCAc < 2:3805762/150‑1 (MQ=255) gTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTc > 1:5270071/1‑150 (MQ=255) gTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTc > 2:935412/1‑150 (MQ=255) tCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGG‑CCCGGGCGCGTGGTTCGCACCggggc < 1:3948268/150‑5 (MQ=255) aGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTgg < 1:5425348/150‑1 (MQ=255) 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cTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTa < 2:67585/150‑1 (MQ=255) cTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTa < 2:2794520/150‑1 (MQ=255) tGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAg > 1:616628/1‑150 (MQ=255) gATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGc > 2:602942/1‑150 (MQ=255) gAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCct > 1:806462/1‑150 (MQ=255) aGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCCCCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCctc > 2:4180837/1‑150 (MQ=255) aGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCctc > 2:1434219/1‑150 (MQ=255) aGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCctc > 2:4965238/1‑150 (MQ=255) aCGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGc < 2:5062794/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGccc > 1:867624/1‑150 (MQ=255) 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cGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCAc > 1:355785/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa > 1:3284901/1‑79 (MQ=255) ggTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGaa < 2:3284901/79‑1 (MQ=255) gTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACGCaa < 1:3459582/150‑1 (MQ=255) gTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACGCaa > 2:1648228/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACGCAAc > 2:4682261/1‑150 (MQ=255) | GATGCGTTGACCCGTATCGAGATGCAGCAACTGATCGAACGCCTGTGGCGTCAGCACGGCTTCACTGTACTGCTGGTCACCCACGACGTCAGCGAGGCGGTTGCCGTGGCTGACCGGGTGATCCTGATCGAGGACGGCGAGGTCGGGCTCGACCTCACTGTTGACCTGGCACGGCCCCGGGCGCGTGGTTCGCACCGTCTGGCCGCGCTGGAAAGCGAAGTGCTCAACCGTGTTCTGTCCACCCCGGGCACTGCGCCCGAGCCGGATCCTGTAGCCCCTCTGCCCACGCAACTG > NC_002947/295102‑295395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |