| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,826,119 | C→T | 5.2% | E2346E (GAG→GAA) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,826,119 | 0 | C | T | 5.2% | 720.9 / 17.9 | 228 | E2346E (GAG→GAA) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/116); new base T (6/6); total (106/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGGGCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCT > NC_002947/4825970‑4826268 | ggCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTc < 2:113784/150‑1 (MQ=255) cgcgcAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGc < 1:4022334/150‑1 (MQ=255) gcAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCAt > 1:515804/1‑150 (MQ=255) cAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATg < 2:1264922/150‑1 (MQ=255) aGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATgg < 1:4261884/150‑1 (MQ=255) gTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAGTTCGCCATgca < 1:3782150/150‑3 (MQ=255) cACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGac > 2:681752/1‑150 (MQ=255) cACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGac > 2:2341453/1‑150 (MQ=255) cACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGac > 2:1022997/1‑150 (MQ=255) cacacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGTATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCt > 2:4117980/1‑150 (MQ=255) cacacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCt > 2:1692410/1‑150 (MQ=255) acacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGcccgg > 2:5348475/1‑148 (MQ=255) acacaACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCtg > 2:3927471/1‑149 (MQ=255) acaacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTgg < 1:3331877/150‑1 (MQ=255) acaacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTgg > 2:4486672/1‑150 (MQ=255) acaacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTgg < 1:2768221/150‑1 (MQ=255) caacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGTCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTggg > 1:3772154/1‑150 (MQ=255) aacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGt > 2:4154722/1‑150 (MQ=255) aacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGt > 2:4799366/1‑150 (MQ=255) acaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGtt > 2:3666867/1‑150 (MQ=255) gCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGc < 2:3597332/150‑1 (MQ=255) cACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGt < 1:1859368/150‑1 (MQ=255) aCCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTg < 2:5210289/150‑1 (MQ=255) 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gcgcTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGa > 1:2959963/1‑150 (MQ=255) cgctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAg < 1:4099226/150‑1 (MQ=255) gctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAgg > 2:3759806/1‑150 (MQ=255) gctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAgg > 1:4369950/1‑150 (MQ=255) ctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgt < 2:1291249/150‑1 (MQ=255) tcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgtg < 1:5229100/150‑1 (MQ=255) tcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgtg > 1:3789072/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGACATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGa < 1:3432530/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGa < 1:109102/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGa < 1:697255/150‑1 (MQ=255) 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gCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa < 1:4117980/150‑1 (MQ=255) gCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa < 1:2006706/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGAGTTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa > 2:216671/2‑150 (MQ=255) cATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAg < 2:3169780/150‑1 (MQ=255) tGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGc < 1:4795424/150‑1 (MQ=255) ggCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCt > 1:2198171/1‑150 (MQ=255) gCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTc > 2:5358670/1‑150 (MQ=255) cGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTTGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTcc < 1:15634/150‑1 (MQ=255) cGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTcc < 2:4049223/150‑1 (MQ=255) gAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCa < 1:4799694/150‑1 (MQ=255) aaCTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAg < 2:515804/150‑1 (MQ=255) cTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGgc < 2:2577538/114‑1 (MQ=255) cTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCt < 2:4422888/150‑1 (MQ=255) | TGGGCGCGCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCT > NC_002947/4825970‑4826268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |