Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,863,120 | C→T | 6.6% | intergenic (‑104/+133) | ligA ← / ← PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,863,120 | 0 | C | T | 6.6% | 474.6 / 14.8 | 154 | intergenic (‑104/+133) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/52); new base T (4/6); total (95/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGT > NC_002947/4862971‑4863267 | gATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCACTccc > 1:2182762/1‑150 (MQ=255) gATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTccc > 2:2589291/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCca < 2:5224626/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGGTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCca < 1:2359406/150‑1 (MQ=255) tCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCcac > 2:351243/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAgg < 2:4575720/150‑1 (MQ=255) ggCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTCCCACAAGGGCGt > 1:447695/1‑150 (MQ=255) gCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTc > 2:3966157/1‑150 (MQ=255) cACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAACGGCGTcc > 2:4573518/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCACCCACAAGGGCggccca > 1:3221542/1‑145 (MQ=255) gAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAg < 1:1765905/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑g > 1:1132315/1‑150 (MQ=255) aTACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑g < 2:3838747/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCAC‑CGCCCTAGGGcat < 2:2188840/150‑3 (MQ=255) tACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑gg < 2:5018170/150‑1 (MQ=255) aCGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGt < 2:1052618/150‑1 (MQ=255) gggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGa < 1:3015326/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 2:1325867/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 1:2025180/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGAt < 1:5105596/150‑1 (MQ=255) cggTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGt < 1:5245636/150‑1 (MQ=255) gTCATGGGATTTGTGTTCTCTTGCATTGCAATAGAGCAGCTTGGGGTGGTGGGTGGGGTTGCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTGGC‑GGGTTTAGCCGCTGCGAGAAGGGGGTCAGTTTGCCTTGGGC‑GGTGTTGTTGCTGttg > 2:2960619/1‑148 (MQ=255) gTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAg < 1:5170034/150‑1 (MQ=255) gTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAg < 1:5023431/150‑1 (MQ=255) gTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCGGTAg > 2:2960647/1‑150 (MQ=255) aTGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTACCACAACGGCGTCACATTCCCAAGGGC‑GGTGATGTACCAGTAGGAg > 1:3517425/1‑150 (MQ=255) tGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGc > 1:2515065/1‑150 (MQ=255) tGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGc < 2:3610661/150‑1 (MQ=255) gggATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑g < 1:1472658/150‑1 (MQ=255) ggATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑gg < 2:2515065/150‑1 (MQ=255) gATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑ggg < 1:3916244/150‑1 (MQ=14) gATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑ggg < 2:4856083/150‑1 (MQ=255) gATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑ggg < 2:3848958/150‑1 (MQ=255) gATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCCACAACGGCCTCACAAGCCCAAGGGC‑GGGGATGTACCGGTAGGAGC‑ggg > 1:3294550/1‑150 (MQ=255) aTTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGt < 1:138900/150‑1 (MQ=14) aTTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGt < 2:1807067/150‑1 (MQ=14) aTTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGt < 2:3221918/150‑1 (MQ=255) tttGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGtt < 1:2986704/150‑1 (MQ=14) cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGTTTAccc < 2:1879393/150‑1 (MQ=14) cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCGCCCACAAGGGCGTCACATGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCGGGAGGAGC‑CGGTTTAccc > 2:938547/1‑150 (MQ=255) ttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACACGCGCACCCCACGGCGGCACAAGCCCACGGGC‑CGTGATTTAACCGTTGGATC‑CGGTTTAaccc > 1:1105550/1‑149 (MQ=255) tctcTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgc > 2:4950666/1‑150 (MQ=255) tctcTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgc > 2:1843698/1‑150 (MQ=255) tctTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGGTATACCC‑CGCCCACAAGGGCGGGACAAGCCCGAGGGC‑GGGGGTGTGCCGGGTGGTGC‑GGGTGTTACCGCGa > 1:636720/1‑150 (MQ=255) tctTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGa > 2:4421977/1‑150 (MQ=255) ctTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTGGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAGGCCCTAGGGC‑GGTGTTGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGaa < 2:3961019/150‑1 (MQ=255) ttGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATTCCCTAGGGC‑GGTGAAGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAag > 2:1119677/1‑150 (MQ=255) gctttgcaagAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAagag > 2:2776503/6‑150 (MQ=255) gcaaagcaaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCCCGAagag > 1:4482330/1‑150 (MQ=255) caaagcaaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCTGTCGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGCgg > 2:3728179/1‑150 (MQ=255) aaagcaaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTTAACCCCCGCCCACAACGGCGGCACAAGCCCAAAGGC‑GGGGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGGTTAACCCCGAAGAGGc > 1:2834589/1‑150 (MQ=255) gcaaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCTGGTGTCTGTTGACTGGGCCAGCCTCTTCGC‑GGTTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTCGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < 2:4826177/150‑1 (MQ=38) gcaaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg > 2:809346/1‑150 (MQ=255) caaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGGAAACCCCCGCCCCCAACGGCGTCAAAAGCCCAAGGGC‑GGGGATGTACCTGGAGGAGCGGGGTTTAACC‑CGAAGAGGCCCGc > 1:4688467/1‑150 (MQ=255) naaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCCCACGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 1:5380945/2‑150 (MQ=255) aaaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTGAACCCCCCCCCCCCAGGGGGGCACAAGCCCCCGGGC‑GGGGGTGGACCCGTGGGGGC‑GGGGGTGACCGCCAAGAGggcggcc > 1:656113/1‑149 (MQ=255) aaaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 2:2071994/1‑150 (MQ=255) aaaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 2:4278432/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcac > 1:4432688/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCTAGGGC‑GGGGCTGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcac > 1:4432581/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCGCCCACAAGGGCGTGCCCAGCCCGTGGGG‑GGTGGTGTACCTGTAGGAGG‑GGGTTTTCCCCCGAAGAGGCCGCcac > 1:4753578/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCGCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCAAGGGC‑GGTGCTGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcac > 1:3946110/1‑150 (MQ=38) gtgggggTGGTGGGGGGGTTGCCTGGTGTCTGTTGAGTGGGCCCGCCTCTTCGG‑GGTTAAACCCGCCCCAACCGGGGCGACACTGGCCCTGGGGG‑GGTTTTGTACGTTTGGGCGG‑GGTTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAacga < 2:1105550/147‑1 (MQ=255) ggggTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTAcc < 1:4939437/121‑1 (MQ=255) gtggtgCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATaa > 2:1112186/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGGTGTCTGTTGACTGGGCCAGCCTCTGCGC‑GGGTAACCCCGCTCCCACACGGGCGTCACAGGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCa < 2:5353530/150‑1 (MQ=38) ttCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAg > 2:380411/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAg > 2:380257/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCCACAAGGGGGTGACAAGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCAGTAGGAGC‑GGGTTTACACGCGAAGAGGCCGGCACCGGCCACGACGATACCCGAACCCGCCAg > 2:5015977/1‑150 (MQ=38) cAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCGCACCCACAAGGGCCTCACAAGCCCTAGGGC‑CGTGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCCCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCACGATACCCGAACccgcccgccc > 2:3408642/1‑148 (MQ=37) gtgtCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATg < 1:2308434/77‑1 (MQ=255) gtgtCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATg > 2:2308434/1‑77 (MQ=255) gtGTTGAGTGGGCCAGCCTCTTCGG‑GGTTAAACCCGCGCCCACCCGGGCGCCACTGGCCCTCGGGG‑GTTGTTGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCa < 2:5182292/149‑1 (MQ=25) tGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCCGCACGCCCTCAg > 2:3586521/1‑150 (MQ=255) tGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAg > 2:1262574/1‑150 (MQ=255) tGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCACCCACAAGGGCGTCACATGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGCACAGGCCCGCCCCGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCACAg > 2:4707107/1‑150 (MQ=38) ttGACTGTCCCCCCCTCTTCGC‑GGTTAAACCCGCACCCAAACGGGGGAAACTTCCCCTTGGGG‑GTTTTTTTACCTGTTGGAGG‑GTTTTAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGgc < 2:2041170/150‑1 (MQ=255) cccgCCTTTTCGC‑GTTTAACCCCGCTCCCCAAGGGGCGTCCCTGGCCCTCGGGC‑GTGGTTGTACCTGTCGGAGG‑GGTTTTACCGGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTc < 1:4532465/147‑1 (MQ=255) ccTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGGCACATGCCCGAGGGC‑GGGGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGGGTACCCGCGCAGAGGCCGGCACCGGCCACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCGCAGGCGGCGCTTTCGGCt > 2:5345196/1‑150 (MQ=255) tctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATTCCCGAGGGC‑GGTGTTGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCCCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCACAGGCTGCTCGTTCGTCTgg > 2:1492684/1‑150 (MQ=38) tctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTgg > 2:3631964/1‑150 (MQ=255) tctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTgg > 2:2213076/1‑150 (MQ=255) tctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACCATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTgg > 1:2229900/1‑150 (MQ=255) tctGCGC‑GGGAACACCCGCTCCCACACGGGCGTCACATCCCCTTGGGG‑GGTGTGGTACGTGTTGGCGG‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTgg < 2:2834589/150‑1 (MQ=37) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCGGTATGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTAGTCGGGAt > 2:2490477/1‑150 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTg > 1:1140630/1‑150 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGGGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCGGGATCTg > 1:4183843/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTc > 1:1372937/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTc > 2:1668817/1‑150 (MQ=255) ggaacccccGCTCCCACCCGGGCGCCACGGGCCCGGGGGG‑GGTGTTGCCCGTGTCGGCGG‑GGTTTCCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCa < 2:656113/144‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCa > 2:34345/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGAAACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAg > 1:1758815/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCTGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCt > 2:1119734/1‑150 (MQ=14) ccGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTc > 2:787639/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTc > 1:1099513/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTc > 1:1210814/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTc > 1:3284044/1‑150 (MQ=255) cgcccACCAGGGCGTCACCTGCCCTTGGGG‑GGTGATGTACGTGTCGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTgg < 2:4308116/148‑1 (MQ=38) tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 2:5280309/1‑150 (MQ=255) tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 1:2696610/1‑150 (MQ=255) | GATCGAGCTCGGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGT > NC_002947/4862971‑4863267 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |