Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,863,160 | 0 | A | G | 8.7% | 384.9 / 16.9 | 154 | intergenic (‑144/+93) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/34); new base G (5/7); total (102/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.50e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTAG > NC_002947/4863012‑4863307 | aTGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCTACCACAACGGCGTCACATTCCCAAGGGC‑GGTGATGTACCAGTAGGAg > 1:3517425/1‑150 (MQ=255) tGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGc < 2:3845764/150‑1 (MQ=255) tGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGc < 2:3610699/150‑1 (MQ=255) 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cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGC‑GGGTTTAccc < 2:1879393/150‑1 (MQ=14) cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCGCCCACAAGGGCGTCACATGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCGGGAGGAGC‑CGGTTTAccc > 2:938547/1‑150 (MQ=255) ttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACACGCGCACCCCACGGCGGCACAAGCCCACGGGC‑CGTGATTTAACCGTTGGATC‑CGGTTTAaccc > 1:1105550/1‑149 (MQ=255) tctcTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAAGCCCGAGGGC‑GGTGATGTACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgc > 2:1843698/1‑150 (MQ=255) tctTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGGTATACCC‑CGCCCACAAGGGCGGGACAAGCCCGAGGGC‑GGGGGTGTGCCGGGTGGTGC‑GGGTGTTACCGCGa > 1:636720/1‑150 (MQ=255) 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caaaAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGGAAACCCCCGCCCCCAACGGCGTCAAAAGCCCAAGGGC‑GGGGATGTACCTGGAGGAGCGGGGTTTAACC‑CGAAGAGGCCCGc > 1:4688467/1‑150 (MQ=255) naaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCCCACGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 1:5380945/2‑150 (MQ=255) aaaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcc > 2:4278694/1‑149 (MQ=255) aaaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 2:2071994/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGcac > 1:4432688/1‑150 (MQ=255) 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tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 2:2160229/1‑150 (MQ=255) tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 2:5280309/1‑150 (MQ=255) tCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTggg > 1:2696610/1‑150 (MQ=255) cccACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGt > 1:2263428/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:3450442/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:509860/1‑150 (MQ=255) caAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAgc < 1:3098937/150‑1 (MQ=255) gCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACg < 2:284984/150‑1 (MQ=255) cactTGCCCTCGGGG‑GGTGTTTTCCGTGTCGGCGG‑GGTTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGgcgc < 2:2313096/150‑1 (MQ=255) acaTGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCt > 1:472182/1‑150 (MQ=255) cTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTc > 1:1179273/1‑150 (MQ=255) cTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTc > 2:3628639/1‑150 (MQ=255) cTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTc > 2:1543492/1‑150 (MQ=255) tgggC‑GGTGATGTACGTGTTGGCGG‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTcga < 2:4688467/149‑1 (MQ=255) aGGGC‑GGTGTTGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTcga < 2:447695/150‑1 (MQ=255) gggC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTcgac > 2:4221583/1‑150 (MQ=255) ggC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTcgacg > 1:2764136/1‑150 (MQ=255) tGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCt > 2:472814/1‑98 (MQ=255) gATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGc < 1:4221583/150‑1 (MQ=255) aCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCg > 1:4575183/1‑150 (MQ=255) tGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTa > 1:511820/1‑150 (MQ=255) tGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTa > 2:1962222/1‑150 (MQ=255) gTAGGCGG‑GGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTAg < 1:4421977/150‑1 (MQ=255) gTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTAg > 2:64795/1‑150 (MQ=255) tAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGtt > 1:69404/1‑110 (MQ=255) tAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGtt < 2:69404/110‑1 (MQ=255) | GTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACGGCGCTCGAACTCGACGATACGCTGGCGGTAG > NC_002947/4863012‑4863307 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |