| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,995,624 | C→G | 5.5% | A113G (GCC→GGC) ‡ | bkdAB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,995,624 | 0 | C | G | 5.5% | 602.5 / 18.2 | 180 | A113G (GCC→GGC) ‡ | bkdAB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (84/86); new base G (4/6); total (88/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCT > NC_002947/4995476‑4995773 | gtcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCGCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTg > 1:1880598/1‑150 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa < 1:5285388/150‑1 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa > 2:2442447/1‑150 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa > 2:2442494/1‑150 (MQ=255) tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa < 2:3961289/150‑1 (MQ=255) gTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGAccc > 1:4239544/1‑150 (MQ=255) cgccgTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTgcg < 2:3470813/150‑1 (MQ=255) cgccgTGGGCATGGGTGCCTATGGCCCGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTgcg > 2:93190/1‑150 (MQ=255) 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gTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCtt < 1:5139908/150‑1 (MQ=255) ttACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:1907173/1‑150 (MQ=255) ttACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:5213986/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACg > 2:3118281/1‑150 (MQ=255) ggccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACCGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaa > 2:4066413/1‑150 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa > 1:2437143/1‑150 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa < 2:4365414/150‑1 (MQ=255) ccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAg > 1:1935165/1‑150 (MQ=255) cggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAgg < 1:1602910/150‑1 (MQ=255) ggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGc < 1:193114/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTg < 1:3799910/150‑1 (MQ=255) ccccGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCt > 1:1698591/1‑150 (MQ=255) | GGCATCGTCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCT > NC_002947/4995476‑4995773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |