| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,995,632 | A→G | 5.4% | T116A (ACC→GCC) ‡ | bkdAB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,995,632 | 0 | A | G | 5.4% | 601.1 / 13.7 | 186 | T116A (ACC→GCC) ‡ | bkdAB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/90); new base G (4/6); total (90/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCTCGATCGAA > NC_002947/4995483‑4995781 | tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa > 2:2442447/1‑150 (MQ=255)tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa > 2:2442494/1‑150 (MQ=255)tcgGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGa < 2:3961289/150‑1 (MQ=255) gTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGAccc > 1:4239544/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCt > 2:1602910/1‑150 (MQ=255) cgccgTGGGCATGGGTGCCTATGGCCCGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTgcg > 2:93190/1‑150 (MQ=255) ggCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCt > 2:4496821/1‑150 (MQ=255) cATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTg > 1:3875520/1‑150 (MQ=255) 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cTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGcggcggcgg > 2:207969/1‑150 (MQ=255) cTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTGGcggcggcgg > 2:5159610/1‑150 (MQ=255) agacgagcTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCC‑TGTggcggcggc < 1:5175608/143‑1 (MQ=255) tGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCAt < 2:687689/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCt > 1:4063502/1‑150 (MQ=255) 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tggtggAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGa < 2:3523316/150‑1 (MQ=255) gtggAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACt > 1:92551/1‑150 (MQ=255) ggAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTca > 2:2005326/1‑150 (MQ=255) agaTCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTcaca < 2:4240245/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGc < 1:4167907/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGc < 1:4945414/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCTGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCa > 2:76352/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCCGACTCACAGCCa > 1:3504450/1‑150 (MQ=255) aGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCaga < 1:1889494/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCagag > 1:2100941/1‑150 (MQ=255) 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cccGCCTGCGTGACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGt < 2:4715732/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATg < 2:1745956/112‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTc > 1:3926525/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTc > 1:2011962/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTcc < 1:3449757/150‑1 (MQ=255) 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ttACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:1907173/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACg > 2:3118281/1‑150 (MQ=255) ggccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACCGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaa > 2:4066413/1‑150 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa < 2:4365414/150‑1 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa > 1:2437143/1‑150 (MQ=255) gccggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCaaa > 1:1939054/1‑150 (MQ=255) ggcGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGc < 1:193114/150‑1 (MQ=255) cATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGAt > 2:3663549/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGAtt > 1:4537037/1‑150 (MQ=255) ttGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTg < 1:3799910/150‑1 (MQ=255) tGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGc < 2:3390612/150‑1 (MQ=255) ccccGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCt > 1:1698591/1‑150 (MQ=255) ccGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCtcg > 1:961850/1‑150 (MQ=255) cGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCtcga > 2:600777/1‑150 (MQ=255) cTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa < 2:1078826/119‑1 (MQ=255) cTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTa > 1:1078826/1‑119 (MQ=255) cTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCtcgatc > 1:4340330/1‑150 (MQ=255) | TCGGTACCGCCGTGGGCATGGGTGCCTATGGCCTGCGCCCGGTGGTGGAGATCCAGTTCGCCGACTACTTCTACCCGGCCTCCGACCAGATCGTCTCCGAGCTGGCCCGCCTGCGTTACCGTTCGGCCGGCGAGTTCATTGCCCCGCTGACCCTGCGCATGCCTTGCGGCGGCGGCATCTATGGCGGCCAGACTCACAGCCAGAGCCCGGAAGCGATGTTCACCCAGGTGTGCGGCCTGCGCACCGTGATGCCGTCCAACCCTTATGACGCCAAAGGCCTGTTGATTGCCTCGATCGAA > NC_002947/4995483‑4995781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |